Олег Тимофеевич Богомолов с самого начала жестко выступил против проведения реформ методами шоковой терапии, всегда критиковал позицию Е.Т. Гайдара и его единомышленников, говоривших о всесильной «руке» рынка и ненужности государственного вмешательства в экономику. О.Т. Богомолов не боялся оппонировать сильным мира сего, если был уверен в своей правоте. Об этом говорят его открытые письма, опубликованные в журнале «Огонек» в сентябре 1990 г., в связи с итогами ХХVIII съезда КПСС. Чего также стоит его подпись под письмом Б.Н. Ельцину с резкой негативной оценкой проводимых правительством реформ в феврале 1992 г. Это письмо, составленное им и академиком Г.А. Арбатовым и подписанное рядом других членов Консультативного совета при Президенте России, фактически означало их добровольный выход из этого совета, что и случилось. Олег Тимофеевич активно работал в российско-американской Группе экономических преобразований, объединившей видных ученых, в том числе лауреатов Нобелевской премии, в желании предложить альтернативу радикально-либеральному реформированию в России. Члены группы в 1996 г. и 2000 г. предлагали в своих обращениях к Президенту России альтернативную повестку дня реформ. В 2010-е годы он вместе с другими видными экономистами встречался и с Президентом Российской Федерации В.В. Путиным, где особо подчеркивал необходимость выполнения нормы российской Конституции о социальном характере государства.
В последние годы жизни О.Т. Богомолов особое внимание уделял проблемам анализа и прогноза развития глобальной экономики и всего мироустройства в целом. Он считал губительным для России и мировой экономики бездумное следование постулатам либерального рынка, отраженным в Вашингтонском консенсусе, и выступал за усиление роли государства в регулировании экономики и жизни общества. Олег Тимофеевич возглавлял экономическое направление в рамках масштабного международного проекта Горбачев-Фонда, отдавая много сил изучению процесса глобализации, ее движущим силам, главным бенефициарам и проигравшим, позитивным и негативным последствиям этого процесса. Еще одним новаторским направлением исследований академика, которому он много внимания стал уделять в 2010-е годы, стало взаимодействию экономики и общественной среды.
О.Т. Богомолов пользовался широкой международной признательностью и заслуженным авторитетом среди коллег-экономистов зарубежных стран. Он был членом Комитета «За европейское сотрудничество и безопасность», председателем Общества российско-венгерской дружбы; членом Исполкома Международной экономической ассоциации, избран ее Почетным президентом, состоял членом Исполкома по общественным