Институт экономики РАН за 90 лет существования разрабатывал широкий круг экономических проблем, имея по каждому из направлений крупных ученых и высококвалифицированных сотрудников. Многие из них обладали разносторонними знаниями и творчески подходили к исследованию разных сторон социально-экономического развития страны. Достаточно назвать академика Л.И. Абалкина, который много лет был директором Института. Среди крупных ученых-экономистов, работавших в Институте экономики в его первый период (1930–1940-е гг.), были такие как: Е. Грановский, Л. Кафенгауз, Э. Квиринг, М. Кривицкий, М. Кубанин, В. Милютин, М. Смит-Фалькнер, Е. Хмельницкая и др.
Институт экономики РАН был призван разрабатывать прежде всего экономическую теорию, в том числе и политическую экономию. Задача в советские времена – наиболее сложная. И все-таки ученые института не скатились в болото апологетики, предельно упрощенных взглядов на социализм. Уже к 1940-м гг. стало складываться понимание существовавшего строя как очень сложной системы, которая требовала сочетания плановых и рыночных отношений и систем управления разного рода. В рамках этой проблематики работали И.Г. Блюмин, В.Г. Венжер, Л.М. Гатовский, Г.А. Козлов, М.А. Колганов, Я.А. Кронрод, Л.А. Леонтьев, К.В. Островитянов, А.И. Ноткин, А.И. Пашков, Д.И. Розенберг, Д.Т. Шепилов и др.
В разные периоды велись в институте научные исследования, связанные с тематикой мировой экономики (А.А. Арзуманян, О.Т. Богомолов, Е.С. Варга, А.А. Громыко, В.А. Жамин, Р.Н. Евстигнеев, А.С. Мендельсон, И.А. Трахтенберг и др.)
Одно из центральных мест занимало исследование закономерностей воспроизводства и динамики структуры народного хозяйства. Прежде всего этой проблематике были посвящены работы Л.Я. Берри, М.З. Бора, А.А. Барсова, Я.Б. Кваши, Я.А. Кронрода, А.Д. Курского, А.И. Ноткина, Т.В. Рябушкина, Б.М. Смехова, Г.М. Сорокина, С.Г. Струмилина, Я.Г. Фейгина, С.А. Хеймана и др. Проблемы финансовых отношений и цен разрабатывались Д.А. Аллахвердяном, З.В. Атласом, В.М. Батыревым, А.А. Дерябиным, В.П. Дьяченко, В.В. Ивантер, Н.С. Лисициан, Ф.И. Михалевским, К.Н. Плотниковым, В.К. Сенчаговым и др.
В единстве с проблематикой воспроизводства исследовались вопросы научно-технического прогресса, экономической эффективности, хозяйственного механизма, хозрасчета, управления экономикой (Г.Д. Анисимов, А.А. Аракелян, В.Н. Богачев, М.А. Виленский, Л.М. Гатовский, Ю.А. Зыков, А.И. Кац, В.П. Красовский, К.Б. Лейкина, Д.С. Львов, В.С. Немчинов, В.И. Павлюченко, Д.М. Полтерович, А.А. Сигиневич, Ю.В. Сухотин, Н.Г. Фейтельман, В.Г. Фельзенбаум, Г.С. Хачатуров и др.). Важную роль играло направление, связанное с разработкой проблем трудовых отношений, народного благосостояния (И.А. Анчишкин, Е.И. Капустин, Е.Л. Маневич, А.Л. Максимов, Б.П. Маркус, И.С. Маслова, В.М. Москович, И.Я. Обломская, Л.В. Опацкий, А.С. Сбытова, М.Я. Сонин, Б.Ц. Урланис и др.).
Долгое время большую роль играли в институте исследования аграрной проблематики, в которых сложились принципиально разные подходы: государственно-централистский (Н.В. Васильев, Е.С. Карнаухова, И.Д. Лаптев, С.И. Семин и др.), относительно либеральный, рыночный (В.Г. Венжер, Т.И. Заславская, Л.Н. Кассиров, Л.В. Никифоров, М.И. Сидорова, Г.И. Шмелев и др.). Исследовались также проблемы преимущественно текущей аграрной проблематики: М.И. Козлов, Н.Г. Коротамм, Г.Г. Котов, А.П. Теряева и др. Упомянуть об этом надо, в том числе и потому, что несмотря на партийно-идеологическую поддержку первого направления и постоянную критику второго, его так и не удалось раздавить.
Важным направлением было изучение истории экономической мысли и истории народного хозяйства России: Ю.П. Бокарев, Ю.Ф. Воробьев, И.А. Гладков, П.И. Лященко, И.В. Маевский, В.Е. Маневич, В.В. Орешкин, К.А. Пажитнов, А.И. Пашков, С.Г. Струмилин, Н.К. Фигуровская, П.А. Хромов, Н.А. Цаголов и др.
Активно велись исследования проблем размещения производства: В.В. Варанкин, К.И. Клименко, Д.Д. Москвин, О.С. Пчелинцев, М.Л. Розенфельд, Н.А. Руденко, В.Г. Удовенко, Я.Г. Фейгин, Н.А. Шокин и др.
В трудах ученых Института экономики РАН акцент делался на развитие прежде всего рыночных отношений, большего многообразия форм собственности, разгосударствления, развития кооперативных и самоуправленческих начал, аренды и т. д. Линия на развитие рыночных отношений и экономического плюрализма достаточно отчетливо прослеживается в работах Института экономики РАН с 1965 г. до начала 1990-х гг. включительно. Это одна и та же линия все большего приближения к реальности, более полного отражения ее в конкретных предложениях по реформированию хозяйственного механизма и преобразования