Дальнейшая служба в качестве личного адъютанта великого князя представлялась Анатолию Мордвинову уже невозможной. Ситуация усугублялась еще и тем, что он как человек, в последние годы постоянно находившейся рядом с великим князем и хорошо осведомленный о всех его не только служебных, но и хозяйственных делах, был назначен заведовать опекой над имуществом Михаила Александровича, введенной Указом императора от 15 декабря 1915 г. В результате Мордвинов подал рапорт об отставке его с должности и написал прощальное письмо великому князю, которое было воспринято им как оскорбительное и практически поставило точку в их взаимоотношениях. «.После его оскорбительного письма, которым сопровождался его рапорт об увольнении, считаю личные отношения с ним поконченными», – написал Михаил Александрович в письме Н. А. Врангелю13 21 декабря 1912 г.14 Тем не менее рапорт не был удовлетворен императором. До конца 1912 г. Мордвинов еще трижды подавал прошение об отставке, прося «освободить. от этой, ставшей ненужной должности и от тяготивших. обязанностей по опеке, но Его Величество не давал на то согласия». Наконец, в начале марта 1913 г., А. А. Мордвинов подал четвертый по счету рапорт Николаю II, «указывая, что все дела великого князя [им] уже переданы высочайше над ним учрежденной опеке и что в [его] дальнейшем заведовании ими уже более не представляется надобности». На этот раз его просьба была удовлетворена, причем весьма необычным, прежде всего для самого Мордвинова, образом – Анатолий Александрович был назначен флигель-адъютантом императора.
Первое время служба флигель-адъютанта казалась полковнику А. А. Мордвинову совсем необременительной – редкие (не чаще одного раза в месяц) дежурства и эпизодические поездки с царской семьей в Крым или в финские Шхеры, что еще раз свидетельствует о близости и высоком уровне доверия со стороны императора и его семьи к Мордвинову. В то время у Николая II было более пятидесяти адъютантов, и, естественно, только избранные приглашались сопровождать августейшую семью во время приватного отдыха. Весьма редко (на памяти самого Мордвинова не более 2-3 раз) император давал какие-либо особые поручения во время дежурства. Мордвинов как бывший адъютант брата царя и как человек, которого лично знали многие члены царской семьи, во время дежурств в Александровском дворце практически всегда «проводил значительную часть времени с Их Величествами, приглашался не только на прогулки и завтраки, но и к обеду Их Величеств и оставался там по вечерам». Сохранялось, правда, бремя ведения имущественными делами находившегося за границей великого князя Михаила Александровича в рамках утвержденной над ним опеки, от которой, несмотря на многочисленные просьбы Анатолия Александровича, император как главный опекун не готов