И, как предвидел автор, он действительно незаконно вторгся, но не в мистику и не в отвлеченные рассуждения, а в запретные мировоззренческие сферы. В годы создания курса ни о каком «водовороте борьбы общественных направлений» не могло быть и речи: существовало единственно разрешенное «направление», которому Ведерников как раз и не соответствовал. Он нарушил общепринятые на то время постулаты партийной общественной «науки», согласно которым всякая русская философская мысль была – осознанно или «стихийно» – материалистической. Одно только упоминание о религиозности, скажем, Ломоносова (не говоря уже о «певце свободы» Пушкине) навлекало на лектора подозрение в нелояльности режиму со всеми вытекающими отсюда последствиями. Тезис же лектора о религиозности основных деятелей русской культуры, его попытка представить содержанием и движущей силой русской истории не борьбу классов, не противоречие между базисом и надстройкой, а «религиозные идеи и их влияние на нравственное состояние нашего общества и народа» была в глазах власти идеологической диверсией.
Конечно, Анатолий Васильевич хорошо осознавал грозящую ему опасность и принимал некоторые меры предосторожности: курс свой он перепечатал на машинке в единственном экземпляре (думается, этот уникальный памятник эпохи, хранящийся ныне в семье Ведерниковых, еще займет свое место в музее Русской Православной Церкви в качестве редкого экспоната), всегда читал его слово в слово, не позволяя себе никакой импровизации, а студентам не разрешая записывать за собой. Но слишком многоопытна была главная надзирающая инстанция государства, чтобы подобными уловками можно было отвести ей глаза.
Приходится удивляться разве тому, что подобная педагогическая деятельность (пусть и в стенах закрытого духовного учебного заведения) столь долго оставалась безнаказанной. Но конец ее был вполне закономерен: в 1948 году Ведерникова внезапно, без какого-либо предупреждения и объяснения причин, отстранили от преподавания и уволили из Академии. Это было зловещим предзнаменованием, за которым обыкновенно следовали арест и расправа. Именно так понимали произошедшее окружающие: телефон в квартире Анатолия Васильевича словно отрезало, его многочисленные знакомые, как по команде, «забыли» опасный номер. Однако был «репрессирован» (и на многие десятилетия!) только читаемый им курс, сам же лектор, по милости Божией, остался