Немало потрудился Анатолий Васильевич Ведерников на ниве православного печатного слова и сделал бы еще более, но в его судьбу опять вмешалась политика. С осени 1958 года начались новые гонения на Церковь. Митрополит Николай (Ярушевич) был одним из немногих высших иерархов, пытавшихся сопротивляться притеснениям, что предрешило его судьбу: в 1960 году он был снят со всех своих постов и отправлен на покой. Это определило и судьбу Ведерникова, ближайшего сотрудника опального митрополита: в ноябре 1962 года он также был уволен на пенсию.
Конечно, и на пенсии Анатолий Васильевич не сидел сложа руки: он работал референтом у митрополита Таллинского и Эстонского Алексия (впоследствии Святейшего Патриарха Московского и всея Руси), продолжал публиковать статьи в «Журнале Московской Патриархии» (последняя статья Ведерникова вышла в 1989 году: это был некролог монахине-иконописцу Иоанне (Рейтлингер) – духовной дочери отца Сергия Булгакова) и «Богословских трудах». В 1985 году он последний раз приезжает в Троице-Сергиеву Лавру на юбилейные торжества по случаю 300-летия основания Московской Духовной Академии. В ходе этих празднеств Анатолий Васильевич был награжден орденом Преподобного Сергия Радонежского II степени.
Однако главным для него в этот последний период жизни стало простое человеческое общение. Его дом, и прежде едва выдерживавший наплыв посетителей, сделался буквально местом паломничества, особенно в кругах московской интеллигенции – музыкальной, художественной, научной; воцерковление многих его собеседников – непосредственная заслуга Анатолия Васильевича. Кого только не было среди его гостей – от митрополита Сурожского Антония (Блума), который неизменно навещал Анатолия Васильевича во время своих приездов в СССР, до пианистки Марии Юдиной и художника Ильи Глазунова. Но кто бы ни приходил к нему в дом – люди именитые или никому не известные – все находили здесь ласковое слово, душевную теплоту, внимание к своим заботам и нуждам, многообразную помощь – советом, знаниями, книгами. Особенно важны были беседы с ним для молодежи: ведь Анатолий Васильевич был живой историей, причем не только нашей страны, но и русской эмиграции, жизнь которой он превосходно знал от своей жены Елены Яковлевны