Прокопович родился в 1681 году в семье, принадлежавшей к торговому сословию, и при крещении был назван Елеазаром. Воспитанием своим он был обязан своему дяде, ректору Киевской академии, Феофану Прокоповичу, по имени которого он и сам был впоследствии назван Феофаном. Дядя поместил его в Академию, где он учился отлично. Но Киевская академия не удовлетворяла его, и по окончании в ней философского курса он для продолжения своего образования отправился в польские училища, как сделал это несколько ранее и Стефан Яворский. Так как в эти училища принимали только тех из православных, которые соглашались сделаться униатами, то Прокопович принял унию и постригся в монахи в Битевском Базилианском монастыре с именем Елисея. Отсюда Прокопович был отправлен в Рим и поступил в миссионерскую Коллегию св. Афанасия. Здесь он прослушал курсы Аристотелевой философии и схоластического богословия. Иезуиты хотели воспитать в Прокоповиче ревностного католика, но трехлетнее пребывание его в Риме сопровождалось другими, совершенно противоположными последствиями. Изучивши дух католичества в самой его столице, строй католической церковной жизни и церковного управления (при нем происходило избрание папы Климента XI), Прокопович глубоко понял всю несостоятельность католицизма и все противоречие его духу Православной Церкви и, вместо приверженца, сделался самым жарким его противником.
По возвращении в Киев он был пострижен в монахи с именем Феофана и прошел в Академии последовательно одну за другою все ученые и административные должности, был учителем пиитики и риторики, философии, богословия, занимал должность префекта и ректора Академии. Почти по каждой из наук, которые он преподавал в Академии, были составлены им учебники. Так, будучи учителем поэзии, он составил «Пиитику», изданную Георгием Конисским в 1756 году и написал трагикомедию «Владимир», представленную студентами Академии в 1705 году. Преподавая риторику, он написал также учебник риторики на латинском языке. В этой риторике, между прочим, встречается следующее замечательное место, направленное против католических богословов и проповедников: «Не приводи мне свидетельств ни Фомы Аквината, ни Скотта, ни других нечестивой секты людей; ибо им не подтвердишь своего предмета, но осквернишь и речь и слух верного народа и священного