Ирокезские войны
Война с ирокезами 1609–1615 гг., в которой довелось участвовать Самюэлю де Шамплену, закончилась вооруженным перемирием. Однако начавшиеся в 1640-е гг. новые Ирокезские войны, которые остаются в числе наиболее кровавых из тех, что вообще велись в Канаде, уничтожили альянсы между индейскими племенами, определявшие существование Новой Франции с 1608 г. Соперничество между туземными племенами имело долгую предысторию. Но создание альянсов с европейцами, появление европейских товаров и европейского огнестрельного оружия сильно повысили ставки. Отныне каждое племя видело в своих противниках угрозу собственному существованию и препятствие на пути к своему процветанию и престижу. В результате могущественная Ирокезская конфедерация – Лига пяти племен отправила своих воинов, теперь уже знакомых с европейским огнестрельным оружием, в походы, которые являлись крупными и поразительно успешными боевыми операциями. В 1645–1655 гг. ирокезы уничтожили всех своих соперников из родственных им племен. За десять лет были полностью истреблены гуроны, петуны, нейтральные120 и эри, при том что каждое из этих племен насчитывало не менее 10 тыс. человек и представляло грозную силу во время прежних войн и стычек. В результате этих конфликтов под вопросом оказалось само существование французского сообщества в долине реки Св. Лаврентия.
В 1648 г. ирокезы захватили саму Гуронию. Под их натиском среди гуронов, уже ослабленных ужасными потерями от болезней, разгорелись внутренние противоречия. Некоторые из них видели в католицизме, миссионерах и союзе с французами единственную надежду на выживание племени, и впервые многие из них приняли крещение. Другие упрекали французов в том, что те несли ответственность за эпидемии и раздоры среди гуронов. Неспособные организовать эффективную оборону гуроны в 1648–1649 гг. были разгромлены. Преподобный Антуан Даниэль погиб во время атаки; Жан де Бребёф и племянник Жерома Лальмана Габриэль приняли ужасную смерть под пыткой, что было обычным ирокезским приемом ведения войны. Священники стяжали мученичество, которого они добивались, но самая важная миссионерская инициатива иезуитов в Канаде потерпела крах. Одна маленькая группка изгнанников основала общину гуронов-католиков в Лоретте близ Квебека. Но когда-то могучая Конфедерация гуронов прекратила свое существование, ее народ вымер, рассеялся среди союзных племен или растворился внутри победивших его ирокезских племен. Воины Лиги пяти племен начали атаковать других своих соперников. Новая Франция, где одинаково бедствовали миссионеры и коммерческие альянсы, могла быть лишь беспомощным наблюдателем уничтожения Ирокезской конфедерацией одного племени за другим.