В 1937 году московский ЦК Компартии вскрывает серьезные недостатки в работе Политбюро ЦК Украины – высшего партийного органа Коммунистической партии, а первого секретаря ЦК Постышева обвиняют в развале работы и пособничестве враждебным антисоветским элементам в республике. Над Балицким, который многие годы работал с первыми секретарями ЦК Компартии Украины Квирингом, Косиором, Кагановичем, Постышевым, стали сгущаться тучи. В мае его вызвали в Москву и сильно понизили в должности, отправив в Хабаровск начальником краевого управления НКВД.
Как свидетельствуют архивные данные, на новом месте Балицкий продолжал действовать в присущей ему манере сталинского руководителя – оперативно и решительно. Так, лишь по одному уголовному делу в Особой Краснознаменной дальневосточной армии было арестовано 200 командиров и других военнослужащих.
А в это время на Украине собираются обвинения на самого Балицкого, который якобы «утаивал от покарания врагов народа, не выполнял указаний центра по разоблачению контрреволюционных и террористических организаций, сдерживал борьбу с троцкистами, националистическими элементами в республике». Доносы «о вредительской линии» Балицкого готовили его бывшие подчиненные и передавали новому наркому внутренних дел Украины Леплевскому, с которым ранее у Балицкого не сложились личные взаимоотношения. Леплевский сфабриковал дело про «антисоветский заговор в НКВД Украины во главе с наркомом Балицким», в котором якобы участвовали практически все заместители Балицкого, руководители ведущих подразделений. Важно подчеркнуть, что в одной из докладных записок в Москву на имя наркома Ежова сообщалось, что Балицкий осуществлял «неприкрытое сопротивление выполнению оперативных указаний НКВД СССР, им было сделано все, чтобы сберечь от разгрома кадры». Он стремился остановить репрессии, уменьшить количество арестов и смертных приговоров.
Балицкого обвинили по одному уголовному делу с Якиром. Трагедия заключалась в том, что еще в 1930 году командующий Киевским военным округом Якир ездил в Москву и жаловался на ГПУ Украины, которое под руководством Балицкого саботировало, по его мнению, выявление враждебных элементов из числа бывших царских офицеров.
При аресте 7 июня 1937 года у Балицкого изъяли государственные награды: три ордена Красного Знамени, орден
Трудового Красного Знамени УССР, орден Красной Звезды, два знака «Почетный работник ВЧК – ГПУ».
Допросы Балицкого проводил заместитель наркома НКВД СССР Бельский, незаконными методами добиваясь его признания об участии в «военно-фашистском заговоре». Партийные органы Украины в лучших традициях тех времен поспешили еще до суда обвинить Балицкого в том, что он входил в состав преступного «якировского контрреволюционного центра, покрывал