В 1821 году о. Антоний вместе с родным братом о. Моисеем приезжает в Оптину пустынь для строительства скита Иоанна Предтечи. В 1827 году он был рукоположен во иеромонаха. В 1825 году, после назначения прп. Моисея настоятелем Оптиной пустыни, о. Антония владыка Филарет утвердил скитоначальником, на место брата. Это событие надолго укрепило духовный союз скитских и монастырских братий. Имея в игумене Моисее общего начальника, они представляли собой единую духовную семью. «Отец Моисей терпеливым ношением немощей братии сумел собрать в Оптиной пустыни такое святое братство, которого не было и, думаю, не будет в России», – писал святитель Игнатий (Брянчанинов).
Отец Антоний стал скитоначальником в 30-летнем возрасте, в его подчинении оказались иноки намного старше него, но он, благодаря своей мудрости и смирению, умел обходиться со всеми так, чтобы никого не задеть. Будучи человеком подлинно смиренным, он по-настоящему тяготился новой должностью: «Сколько я ни глуп, однако собственным искусом отчасти узнал, что из всех чинов иноческих нет тягостнее, нет бедственнее и горестнее, как быть начальником над братиею!»
Вместе с братиями прп. Антоний преодолевал немалые внешние трудности и лишения, сам исполнял многие послушания, служа для всех примером трудолюбия. Его келейник одновременно был также садовником, поваром и хлебопеком, так что скитоначальник обслуживал себя сам. «Как самый бедный бобыль, живу в келье один, – говорил он, – сам и по воду, сам и по дрова». Он же сам в основном совершал и богослужения. «Чином священства почтенных теперь у нас в скиту собралось пять человек, но все они престарелы и многонемощны, почему и тяготу служения за всех несу один», – писал о. Антоний в 1832 г. своим родным. Богослужение он совершал с великим благоговением, которое передавалось всем предстоящим.
В 1836 году у о. Антония открылась тяжелая болезнь ног, сопровождавшая его до самой кончины. Во время мучительных обострений недуга он подолгу не мог встать на ноги. В 1839 г. он принял еще более тяжкий для себя крест – епископ Калужский Николай назначил его настоятелем Малоярославецкого Николаевского монастыря. Расставание с родным скитом, с любимым братом, своим духовным руководителем, начальствование в чужом месте стали для него настоящим испытанием. Однако настоятельские труды физически немощного, но духовно непоколебимого подвижника дали очень благие плоды и во внешнем, и в духовном устроении обители. В Малоярославецком монастыре у него появилось множество чад, которых он окормлял до своей кончины. Сохранившаяся переписка с ними свидетельствует о глубокой духовной мудрости старца.
Все время управления Малоярославецким монастырем прп.