Снесарев непрерывно ведет учебные занятия. Он их ведет не только в Военной академии РККА, а и в Военно-воздушной и Военно-политической академиях. Приказом РВС СССР № 149 от 27 июня 1927 года ему присваивается звание профессора высших военных учебных заведений (по военной географии и статистике). Вскоре приказом РВС СССР № 251 он назначается военным руководителем Института востоковедения им. Н. Нариманова. Здесь он оставит о себе память выдающегося ученого и много учеников, среди которых будут известные востоковеды, например, академик А. А. Губер, академик И. М. Рейснер, профессоры Р. А. Ульяновский, В. В, Балабушевич, А. М. Осипов и другие.
В середине 20-х годов А. Е. Снесарев проводит уникальное исследование в рамках проблем, поставленных Первой мировой войной. Бывшие союзники России по этой войне предъявляли претензии к Советскому Союзу как наследнику Российской империи за поставки оружия и военной техники. При этом людские потери России в счет не брались. Еще в ходе Первой мировой войны обратил внимание на серьезное значение военно-демографической проблематике и усматривает в ней огромный стратегический смысл. «Воюют не в момент только войны, – пишет он 9 февраля 1917 года, – а воюют много раньше, чем раздались первые звуки выстрелов: женщины рожают и воспитывают воинов, ученые изучают войну и ее новые формы, заводы льют пушки и готовят снаряды… Да еще вопрос – насколько 2-е и 3-е существенное дело, может быть, зерно победы в том, кто кого перерожает, какой страны женщина более окажется сильной в выполнении своей государственной задачи».
Снесарев включает демографический фактор в структуру расчетов, и картина долговых отношений между бывшими союзниками по Антанте меняется. Его исследование было опубликовано в 1926 году в сборнике «Послевоенные расчеты держав Антанты. Кто должник?» По комплексу демографических идей, выдвинутых Снесаревым, его следует отнести к одному из основоположников военной демографии.
В 1928 году постановлением ЦИК СССР А. Е. Снесареву было присвоено почетное звание Героя труда, впервые введенное в стране. Вместе с ним это звание получили выдающийся ученый Л. В. Чижевский и известные конструкторы оружия В. А. Дегтярев и Ф. В. Токарев. В 1929 году кандидатура Снесарева была выдвинута в академики АН СССР. Но 27 января 1930 года А. Е. Снесарев был неожиданно арестован, а затем осужден на высшую меру. Однако решение суда было изменено. Основанием для изменения приговора послужила следующая записка И. В. Сталина Наркому обороны К. Е. Ворошилову: «Клим! Думаю, что можно было бы заменить Снесареву высшую меру 10-ю годами. И. Сталин». Жена Снесарева – слабая