По инициативе и с активным участием Снесарева в академии было создано Восточное отделение, готовившее кадры для военно-политической работы на восточных границах и на военно-дипломатической, научно-аналитической и другой важной работе. Андрей Евгеньевич на своем опыте убедился в важности владения живыми языками народов, среди которых приходится жить и решать служебные вопросы офицерским кадрам. Возобновляет Андрей Евгеньевич и свои научные работы по восточным вопросам. В 1921 году он выпускает труд «Авганистан», сделавший его классиком отечественной афганистики. Этот труд переиздается в наше время, только жаль, что им не пользовались те лица, которые решали в свое время вопрос о вводе советских войск в эту страну.
В ходе Мировой и Гражданской войн Снесарев убедился в большом влиянии на поведение отдельного воина, малых групп и больших масс войск психических процессов. Поэтому еще во время войны он занялся изучением психологии. В своих фронтовых письмах и дневниках он много раз отмечал те разительные перемены, которые происходили в ходе войны с отдельными людьми, группами и даже большими массами.
Похоже он пришел к выводу, что психическое состояние масс может круто изменить ход войны от победы к поражению и наоборот. И как бы в предвидении будущих психологических войн в академии им создается психологическая лаборатория. К сожалению, после ухода Снесарева с должности начальника академии деятельность этой лаборатории была свернута.
В 1920 году А. Е. Снесарев опубликует очень важную и принципиальную статью «Единая военная доктрина». Дело в том, что проблема военной доктрины страны активно обсуждалась перед Мировой войной, и тогда не пришли к приемлемому для руководства страны выводу. Вопрос был снова поднят в уже новых условиях. В печати высказывались разные мнения. Но наиболее глубокую методологию решения этой чрезвычайно важной для государства военно-политической проблемы дал именно А. Е. Снесарев в указанной статье.
Большое значение имело создание им в академии редакционного совета, в задачу которого входило обеспечение отбора и выпуска высококачественных трудов ученых и преподавателей академии. Опыт работы этого совета был воспринят руководством военного ведомства страны. В результате при Реввоенсовете Республики был создан Высший военный редакционный Совет, решавший вопросы организации выпуска отечественной и переводной зарубежной военной литературы. Таким образом в стране был налажен обзор мировой военной мысли.
В 1921 году Академию Генерального штаба РККА переименовывают в Военную академию РККА, ее начальником назначают М. Н. Тухачевского. Снесарев остается профессором академии, а с 1 января 1921 года его назначают руководителем Восточного отделения академии. И он полностью отдается научно-исследовательской и педагогической деятельности. И в который раз удивляет продуктивностью