При резидентуре Молодцова (оперативный псевдоним «Бадаев») было создано два партизанских отряда, руководимых местными гражданами Афанасием Клименко и Антоном Федоровичем. Для жизнеобеспечения отряда Клименко в катакомбах подготовили специальную базу. Под землей хранились продукты питания, рассчитанные на шестимесячное пребывание под землёй до полусотни человек. Туда же завезли взрывчатку, оружие и боеприпасы к нему.
16 октября 1941 г., в день оккупации города немецко-румынскими войсками, в одесские катакомбы через шахту в селе Нерубайское вошел весь партизанский отряд Клименко и руководящий состав резидентуры.
О том, что в оккупированной Одессе остались партизаны и подпольщики, румынской контрразведке (сигуранце) было известно. В одном из её документов, захваченном после войны, по борьбе с партизанским движением, говорилось:
«Советское правительство организовало и хорошо снабдило действия партизан на потерянных территориях. Партизаны составляют невидимую армию коммунистов на этих территориях и действуют со всем упорством, прибегая к самым изощренным методам выполнения заданий, ради которых они оставлены. Вообще, всё население, одни сознательно, другие несознательно, помогают действиям партизан».
Партизанами и подпольщиками проводилась определенная положительная работа: уничтожалась живая сила противника, подрывались железнодорожные пути и склады с продовольствием и вооружением, пускались под откосы поезда, велась агентурная разведка побережья…
Центр периодически принимал спецсообщения от «Кира» (радиопозывной Молодцова). Документы, начинающиеся словами: «Нелегальный резидент НКВД в Одессе сообщает…» нередко ложились на стол руководителю НКВД и даже Верховному главнокомандующему. Сталин их внимательно читал…
Но случилось предательство со стороны… руководителей партизанских отрядов, сначала – Антона Федоровича, а затем – и Афанасия Клименко. Согласились сотрудничать с сигуранцей ещё несколько арестованных подпольщиков, в том числе и радист отряда Евгений Глушков, инициативно предложивший свои оперативные услуги недавнему его противнику.
Как писал Олег Матвеев по этому поводу в газете «Независимое военное обозрение»:
«По заданию немецких спецслужб с августа 1942 г. по ноябрь 1943 г. он поддерживал по рации связь с Москвой, дезинформируя о партизанском отряде и требуя прислать помощь людьми и материальными средствами. Однако уже в сентябре 1942 г. на Лубянке пришли к выводу, что Глушков работает под контролем, и включились во встречную дезинформационную радиоигру с противником».
8 февраля 1942 г. Владимир Молодцов вместе с Тамарой Межигурской во время выхода из катакомб были выслежены и схвачены румынской контрразведкой возле дома Антона Федоровича.
По доносам предателей за небольшой промежуток времени