В течение 1953–1955 годов с целью дальнейшего совершенствования способов применения инженерных бригад (так стали называться бригады особого назначения) Генеральный штаб и Штаб реактивных частей провели серию войсковых, опытных и командно-штабных учений и военных игр на картах. Отрабатывались железнодорожные и водные перевозки, марши на большие расстояния, учебно-боевые пуски ракет из заранее не оборудованных районов, днём и ночью, в различных климатических условиях. Кроме того, офицеры Штаба реактивных частей, штабов инженерных бригад и вузов привлекались на учения видов Вооружённых Сил, военных округов, групп войск, флотов, а также на оперативно-стратегические учения, проводимые Генеральным штабом.
Всё это позволило Штабу реактивных частей разработать и в марте 1955 года ввести в действие Наставление по боевому применению инженерной бригады резерва ВГК, вооружённой ракетами Р-1 и Р-2. Наставление внесло значительный вклад в развитие теории боевого применения ракетных частей. В нём были более конкретно сформулированы основные задачи бригады в наступательной и оборонительной операциях. Впервые учитывалась возможность действия бригады в условиях применения противником ядерного оружия. Для этого предусматривались рассредоточение боевого порядка, смена позиций в процессе боевых действий, создание запасного командного пункта.
Наставление обобщило пятилетний опыт учебно-боевых пусков на полигоне и учений непосредственно в бригадах, в том числе с выходом двигателей ракет на предварительную ступень. В развитие положений Наставления Штабом реактивных частей совместно с аппаратом начальника реактивного вооружения создаются инструкции по эксплуатации вооружения, железнодорожным перевозкам, геодезическому и метеорологическому обеспечению и другие документы.
Требования Наставления и инструкций положили в основу замыслов и планов проведения учений и инженерными бригадами. Тематика учений, проведённых с 1955 по 1958 год, приобрела явно выраженную исследовательскую направленность и была весьма разнообразной. Итоги этих учений позволили по-новому подойти к рассмотрению способов и форм применения бригад и ракетного оружия дальнего действия в целом. Так, впервые встал вопрос о целесообразности введения для ракетных частей степеней боевой готовности. Предлагалось установить три степени боевой готовности с определением для каждой из них времени подготовки к пуску. Эти положения позднее вошли в новое Наставление по боевому применению инженерных бригад. Впервые также по итогам окружных учений зашла речь о нецелесообразности подчинения бригад общевойсковому командованию. Было установлено, что широкий манёвр ракетными ударами при этом необоснованно сужался, а оперативное объединение, в частности танковая армия, не в состоянии