Однако в борьбе с агрессором органы госбезопасности несли также значительные потери. Так, по состоянию на 1 марта 1944 г., только в военной контрразведке значились: убитыми – 3725 сотрудников, пропавшими без вести – 3092 сотрудника, ранеными и выбывшими в госпитали – 3520 человек. В связи с этим В. С. Абакумов уделял серьезное внимание подготовке пополнения особых отделов: в них направлялись кадры, прошедшие специальную подготовку, причем именно с учетом опыта войны, а на эту профессиональную подготовку отбирались преимущественно офицеры РККА, уже имевшие боевой опыт. 23 июля 1941 г. по инициативе Абакумова при Высшей школе НКВД СССР были организованы специальные курсы по подготовке военных контрразведчиков. К октябрю 1941 г. только Высшей школой НКВД в особые отделы были направлены около 1200 выпускников курсов подготовки оперативного состава.
Помимо этого, для восполнения потерь личного состава особых отделов на службу призывались офицеры запаса госбезопасности, в особые отделы направлялись сотрудники территориальных органов, выпускники ускоренных курсов и школ НКВД, подбор которых, в частности, велся и среди добровольцев, массово штурмовавших военкоматы с требованием отправить их на фронт, а также среди воинов, проявивших мужество и героизм в боях, в период их нахождения на излечении в госпиталях после полученных ранений…
Помимо выполнения собственно оперативно-чекистских функций, оперативный состав особых отделов НКВД принимал участие в проведении операций по борьбе с парашютными десантами противника, по розыску и задержанию вражеских агентов, дезертиров, участников разного рода бандитско-повстанческих формирований.
Для решения этих задач в соответствии с приказом НКВД от 19 июля 1941 г. при особых отделах дивизий и корпусов были сформированы отдельные стрелковые взводы, при особых отделах армий – отдельные стрелковые роты, при особых отделах фронтов – отдельные стрелковые батальоны.
С 22 июня войска Закавказского военного округа (23 августа 1941 г. он был преобразован в Закавказский фронт), заместителем начальника Третьего отдела которого продолжал службу Петр Иванович Ивашутин, выполняли задачи по противодесантной обороне Черноморского побережья и прикрытия государственной границы СССР от Черного до Каспийского моря.
При отбытии в штаб фронта, Петр Иванович оставил семью – жену, двойняшек в Тбилиси, а позднее получил лишь известие, о том, что семья его отправлена в эвакуацию, но адрес ее конечного пункта назначения так и не дошел до него. Неизвестность, мысли о семье добавляли немало тревог Ивашутину в краткие часы отдыха, когда позволяла обстановка.
При этом Петр Иванович большое внимание уделял обучению нового пополнения личного состава особых отделов, подготовке его к выполнению служебных обязанностей в специфических условиях военного времени, в чем ему помогал полученный опыт ведения чекистской работы во время Советско-финской