Сущность нового устава заключалась в уничтожении автономии университетской коллегии и в подчинении профессоров административному надзору и воздействия, как в отношении личного ее состава, так и программ преподавание, то есть ликвидировалась университетское самоуправление. Студенты ставились из положения членов университетской корпорации в просто «слушателей» и «посетителей». Александра III волновал больше вопрос воспитания, чем познания. С этой же целью с 1895 г. был введен и надзор в училищные советы земских начальников.
После принятия нового устава многие профессора покинули университеты, студенты вынуждены были платить намного больше за свое обучение, а поступление в университеты и получение стипендии определялись теперь главным образом политической благонадежностью. В случае неповиновения начальству студент быстро оказывался за стенами университета и по всеобщей воинской повинности его ждала служба в армии в качестве рядового. В это же время была введена и обязательная форма для студентов. Форма была красивой, нравилась девушкам гимназисткам, демонстрировала принадлежность молодого человека к престижной социальной группе. Но ее введение диктовалось чисто утилитарными соображениями: при каких-либо «сборищах», митингах, уличных беспорядках по форме студента очень легко было отличить в толпе людей.
Консервативный публицист М. Н. Катков в «Московских ведомостях» приветствовал новый университетский устав как символ поворота правительственной политики. По мнению Каткова если либеральный устав 1863 г. был «началом системы упразднения государственной власти», то устав 1884 г. ознаменовал «возвращение властей к их обязанностям» – «Итак, господа, встаньте: правительство идет, правительство возвращается!… Не верите?»50
Не отвечал интересам правительства и императора и независимый суд, учрежденный уставами 1864 г. «Судебная республика», по определению М. Н. Каткова, или безобразие судов», как считал сам Александр III, были для общества символом общественной и частной независимости. Более всего администрацию раздражал воцарившейся в суде дух свободы. Как правило, судебные заседания являлись открытыми. Исключение делалось лишь при разборе богохульства, оскорбления женской чести и некоторых категориях имущественных дел. Ограничения на информацию о процессах не налагалось и газеты подробно воспроизводили речи обоих сторон. Порой зал суда становился трибуной политической агитации. Но как бы правительство не устраивало «непокорность» судов (случаи, когда судебное учреждения даже вопреки законам, выгораживали государственных преступников, например, как в нашумевшем случае 1878 г., когда власть не пожелала применить какие-либо меры к воздействию на виноватых со своей стороны, то есть генерал-губернатора Ф. Ф. Трепова, а суд принял