Вступающим в орден обещали со временем открыть все тайны бытия и умение управлять событиями с помощью магии и каббалы, а до этого послушно исполнять все указания масонских начальников. Шли годы, а русских «братьев» не спешили знакомить с высшими таинствами. Причем возникало естественное сомнение, а существовали ли эти высшие таинства вообще и не было ли постоянное упоминание о них приманкой для легковерных с целью придать высший смысл существованию ордена, на самом деле носившего чисто политический характер?
На допросе Новиков сообщил: «В магии и каббале и не могли из нас никто упражняться, как то по бумагам видно, находясь в нижних только еще градусах, и мне о сих науках, кроме названия их, неизвестно».
Из показаний Новикова следовало, что каждому вступающему в орден показывали чертеж «таинственного содержания со словами «Шесть великие дни дел» и на просьбу объяснить его говорили, что «сей чертеж расположен и писан каббалистически, и кто не упражнялся еще в нижних познаниях, тот не может понимать и разуметь вышних… а могут его разуметь только находящиеся в самых высших градусах». Рассуждения эти были чистой воды шарлатанством.
В общем, все материалы следствия говорили о том, что Новиков был сравнительно маловажной фигурой в масонской иерархии. И тот факт, что главный удар пришелся именно по нему, свидетельствует о сложной интриге, затеянной против него самими масонами из ближнего окружения императрицы. Понимая, что удара не избежать, масонские конспираторы решили отвести его на второстепенное звено своей цепи, уничтожив одновременно один из центров русского просвещения. Механизм этой интриги требует еще специального изучения. Очень характерно, что в деле о масонстве не пострадал ни один высокопоставленный масон, ни один из руководителей масонских орденов. А имена их хорошо известны следствию. Это тем более удивительно, что царице было доложено, что в берлинских ложах 1790–1791 поднимался вопрос о замене царствующей особы на русском престоле. В интриге этой были замешаны и русские масоны, пытавшиеся воспользоваться тяжелой военно-политической обстановкой в Европе для захвата власти в России. Дело против Новикова затеяно при участии московского генерал-губернатора гр. Я. А. Брюса, известного своей принадлежностью к масонским ложам.
Большую роль в осуждении Новикова сыграл донос крупного масонского функционера кн. Г. П. Гагарина, руководителя многих лож, великого мастера Великой провинциальной ложи, префекта капитула Феникса. Кстати, это не помешало ему занимать руководящую масонскую должность и в начале XIX века.
В общем, посадив в Шлиссельбургскую крепость Н. И. Новикова и отправив в ссылку некоторых его соратников, императрица как бы поставила точку на этом деле. Реально никто из масонов не пострадал, сохранялась сложная сеть масонских лож, которые продолжали свою подпольную