Родился будущий адмирал в 1873 г. в семье морского артиллериста Василия Ивановича Колчака, ушедшего в отставку в чине генерал-майора. «Я вырос в чисто военной семье, – вспоминал адмирал позднее, на допросе в Иркутске. – Братья моего отца были моряками. Большинство знакомых, с которыми я встречался, были люди военные» (Допрос Колчака. Л., 1925. С. 34). Все это и определило жизненный выбор. Следуя по стопам своего отца, мальчик окончил в 1894 г. Морской кадетский корпус, выйдя из его стен «вторым» выпускником и получив премию адмирала Рикорда. Минул лишь год, а юный моряк находился уже в первом своем заграничном плавании в качестве помощника вахтенного начальника крейсера «Рюрик». Затем последовало почти трехгодичное плавание в водах Тихого океана на крейсере «Крейсер», из которого Колчак вернулся уже вахтенным начальником и лейтенантом.
С первых лет своей морской службы Александр Колчак серьезно увлекся научными работами по океанографии, гидрологии и магнитологии, отдавая этим занятиям все свое свободное время. «Я готовился к южнополярной экспедиции… – признавался он, – писал записки, изучал южнополярные страны. У меня была мечта найти южный полюс; но я так и не попал в плавание на южном океане».
Судьба подарила Колчаку возможность стать исследователем не южных широт, а северных полярных просторов. Хотя молодому лейтенанту не удалось стать участником экспедиции на «Ермаке» адмирала Макарова (в 1899 г. в Кронштадте Колчак сблизился с ним на почве общего увлечения океанографией), в конце 1899 г. по предложению известного путешественника барона Э.В. Толля (1858–1902) он был откомандирован морским министерством в распоряжение Академии наук для участия в Русской полярной экспедиции. Готовясь к экспедиции, Колчак три месяца занимался работами по магнитному делу в физической обсерватории в Петрограде и в Павловской магнитной обсерватории, а затем поехал в Норвегию к Ф. Нансену, который, по словам молодого исследователя, научил его «работать по новым методам».
Экспедиция вышла из Петербурга в июне 1900 г. на судне «Заря», прошла Ледовитым океаном через Карское море и зазимовала на Таймырском полуострове. Следующая зимовка была проведена на острове Котельном, после чего весной 1902 г. экспедиция обследовала группу Новосибирских островов. В это время барон Толль вместе с астрономом Зеебергом отправился на нартах к острову Беннетта, откуда им уже не суждено было вернуться.
Другие участники экспедиции в декабре 1902 г. возвратились в Петербург, однако там было решено снарядить новую весьма рискованную экспедицию по спасению барона Толля, которую вызвался возглавить сам Колчак. Восемь месяцев длились поиски, но они лишь констатировали гибель смелых исследователей. Полярный поход сквозь тысячемильное ледяное крошево, через шесть необитаемых островов протекал в невероятно трудных условиях. Как докладывал позднее Колчак, «тяжелые нарты, а особенно вельбот,