Отец Серафим поселился в прежней келии своей, ни к кому не ходил и к себе никого не принимал. У него не было теперь даже самых необходимых вещей. Икона с горящей лампадой и обрубок пня вместо стула – вот все, что было в келии. И огня он теперь не стал для себя потреблять. На плечах он носил теперь под сорочкою тяжелый железный пятивершковый крест. Собственно же вериг, вероятно, не носил. «Кто нас оскорбит словом или делом, и если мы переносим обиды по-евангельски, – учил он, – вот и вериги наши, вот и власяница». Пищею его были теперь толокно и белая рубленая капуста. Воду и пищу относил ему сосед его по келии, монах Павел. Затворник, покрывшись полотенцем, чтоб никто не видал лица его, выходил из дверей и на коленях, как Божий дар, принимал посуду с пищей.
По-прежнему сложно и велико было молитвенное его «правило». Между прочим, он в течение недели прочитывал весь Новый Завет и, читая, толковал себе Писание вслух. Многие приходили к его двери и с радостью слушали его. Иногда же он, сидя над книгой, как бы замирал, погруженный в созерцание, не читая далее. Также иногда на молитве он переставал читать слова, замолкал и, не двигаясь, стоял пред иконой. Всякое воскресенье и большие праздники старец приобщался Святых Таин, которые после ранней обедни ему приносили в келию из любимой и знаменательной для него больничной церкви.
В сенях у него стоял дубовый гроб, сделанный, вероятно, им самим, как искусным столяром. Он просил после смерти положить его в этот непременно гроб и часто около него молился, готовясь к смерти. Он выходил иногда из келии по ночам, чтобы подышать свежим воздухом, и, читая тихо молитву Иисусову, в это время переносил дрова.
После пятилетнего строгого затвора старец внешне несколько ослабил его. Всякий мог войти к нему, так как он отпер дверь келии. На вопросы старец, хотя и не стесняясь посетителями, не давал ответа. Даже, когда посетил Саров Тамбовский епископ Иона (впоследствии экзарх Грузии) и пришел к его келии, старец не отпер ему двери и ничего не отвечал.
Прошло еще пять лет затвора, и отец Серафим стал отвечать на вопросы братии и даже беседовать с нею. Он внушал братии неопустительно совершать богослужение, благоговейно стоять в церкви, постоянно заниматься умной молитвой – каждому усердно исполнять послушание, не есть ничего вне трапезы, за трапезою сидеть с благоговением и страхом Божиим, без важной причины не выходить за ворота, бояться своеволия как причины великого зла.
В 1825 году последовало явление отец Серафиму Богоматери. Пречистая повелела ему выйти из затвора и принимать всех, кто будет идти к нему. В это время отец Серафим был уже 66-летний старец. За почти полувековую монашескую жизнь сколько великого опыта духовного скопил он, какую великую воспитал в себе любовь к Богу, как изучил он малейшие движения души, как познал все оттенки той