В течение нескольких часов после видения страдалец ощущал чрезвычайную духовную радость. Потом почувствовал облегчение. В тот же вечер в первый раз после поранения спросил пищи, и поел хлеба с квашеной капустой. С того дня он мало-помалу стал оправляться, но следы этого происшествия остались навсегда на нем. Еще раньше он как-то во время рубки леса был придавлен упавшим деревом, и, раньше прямой и стройный, стал теперь согбенный. Теперь же он еще больше сгорбился и не мог ходить иначе, как опираясь на палку или топорик.
Пробыв пять месяцев в Сарове, отец Серафим вернулся опять в любимую свою пустынную келию. Таким образом, опять враг спасения потерпел новое поражение. Обидчики подвижника были найдены и оказались крепостными крестьянами помещика Татищева, из села Кременок. Отец Серафим просил настоятеля не преследовать их и писал о том же помещику. Все настаивали на наказании. Тогда отец Серафим объявил, что в таком случае он оставит Саров и совсем уйдет в другое место.
Господь сам наказал этих людей: у них сгорели все избы. Тогда, раскаявшись, они пришли к отцу Серафиму и просили у него прощения.
В 1807 году скончался второй, со времени поступления отца Серафима, настоятель Саровский – праведный игумен Исаия, который весьма чтил отца Серафима и которому отец Серафим платил искренней любовью. Когда отец Исаия был здоров, он сам ходил в пустынь к отцу Серафиму. Когда он сложил с себя должность, отец Серафим был избран братиею в настоятели, но отказался, и был избран в настоятели казначей Нифонт. Больной старец не мог лишить себя утешения в беседе с отцом Серафимом, и братия возила бывшего своего настоятеля в тележке в пустыню к отцу Серафиму. Кончина отца Исаии тяжело отразилась на отце Серафиме. Три любимых им старца, из которых двое, Иосиф и Пахомий, руководили первыми его иноческими шагами, лежали в могилах. Он сам прожил уже почти полвека. И новое поколение иноков не могло дать его привязчивой душе то, что давало ему общение с этими тремя глубокодуховными, а для него незаменимыми, коренными людьми. Как ни ограничивал он людских отношений, уход этих людей болезненно на нем отразился. Никогда не проходил он мимо кладбища монастырского без того, чтоб не помолиться на их могилах. Начальнице Ардатовской общины он как-то сказал: «Когда идешь ко мне, зайди на могилки, положи три поклона, прося у Бога, чтоб Он упокоил души рабов Своих Исаии, Пахомия, Иосифа, и потом припади ко гробу, говоря про себя: «Простите, отцы святии, и помолитесь обо мне!»
Стремясь все далее, все более очищая душу, а быть может, чтоб подвигом смирить печаль души, отец Серафим приступил к новому деланию – молчальничеству. Он более не выходил, если кто посещал его. Встречаясь с кем в лесу, падал лицом к земле, и не вставал, пока не уходили от него, перестал даже ходить в монастырь по праздникам. Раз в неделю, по праздникам, старцу приносил послушник