Отчего патриарх Паисий решил сдать своего протеже, неясно, но в Москве его слова не пропустили мимо ушей. Арсений Грек был взят на допрос, и умелые руки князя Никиты Ивановича Одоевского и думного дьяка Михаила Волошенинова сразу же ободрали с него натянутое для прикрытия благочестие.
25 июля 1649 года Арсений показал на допросе, что родом он грек турецкой области; отец его Антоний был попом и имел пятерых сыновей. Двое из них, Андрей и Иван, живут в мире, третий Димитрий – протопопом, четвертый Афанасий – архимандритом, а пятый – он, Арсений. На Москве имеются приезжие греки, которые из одного с ним города: одного зовут Памфилом, другого Иваном, они могут подтвердить его слова. Крещен Арсений был в младенчестве, и восприемником ему был того же города архиепископ. Грамоте и церковному кругу учился у отца, а потом брат его архимандрит Афанасий брал его с собою в Венецианскую землю для учения, и в Венеции выучил грамматике. Затем брат увез его для учения в Рим, где и был Арсений пять лет и учился в школе Аристотелеву учению и седьми Соборам. Когда же дошло до Восьмого и Девятого Соборов, то от него, Арсения, потребовали присяги с клятвою, что он примет римскую веру, ибо иначе того учения никому не открывают и учить не велят. Видя это, он прикинулся больным и уехал из Рима, чтобы не отпасть от греческой веры.
– У кого ты жил в Риме и от кого приобщался святых Христовых Тайн или принимал сакрамент? – был задан Арсению вопрос.
– Я жил в Риме у греческой церкви святого Афанасия Великого, где живет православный митрополит греческой веры с пятью или шестью греческими старцами, – сказал Арсений. – С ними и жил, и принимал причастие Христовых Тайн от того митрополита, а сакрамента в Риме не принимал. Митрополит тот держит только семь Соборов, а Осьмого и Девятого не держит и к папе не приобщается. Только когда папа велит ему быть на Соборе, он на Соборы к папе ходит и за папу Бога молит.
Арсению заметили, что «блядословит» (лжет) он. Всему свету известно, что папа приводит в Риме всех иноверцев к своей вере посредством унии, и митрополит тот, коли жил в Риме, должен быть униатом. И Арсений, если он желает принести покаяние Богу и повиниться пред государем, должен сказать правду.
Арсений упрямо повторил, что в униатстве не был и сакрамента не принимал. Чтобы не приобщиться к римской вере, он из Рима переехал в венецианский город Бадов, и три года учился философским наукам и лекарскому учению.
А из Бадова пришел в Царьгород