Превращение харбинский миссии в разведывательный центр по советскому Дальнему Востоку началось осенью 1920 г., после передачи в Квантунскую армию личного состава эвакуированных из Забайкалья миссий в Чите и Верхнеудинске (Улан-Удэ). Приказом военного министра от 8 ноября 1920 г. к управлению армии прикомандировались 23 внештатных сотрудника, в том числе 7 офицеров в звании от лейтенанта до генерал-лейтенанта, 1 гражданский специалист, 3 переводчика и 12 наёмных сотрудников, из которых 5 офицеров, включая генерал-лейтенанта Исидзака Дзэндзиро, полковника Сиотэн Нобутака, капитанов Гига Сэя и Окамото Садамицу, работали в харбинской миссии, а 2 – в цицикарской резидентуре[94].
Однако до ноября 1922 г. харбинская ЯВМ оперировала главным образом в полосе Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД), так как разведкой на территории Забайкалья, Приморья и Приамурья занимались аналогичные миссии в Маньчжоули, Чите, Благовещенске, Хабаровске, Никольск-Уссурийском и Владивостоке, подчинявшиеся командованию Владивостокской экспедиционной армии[95]. В соответствии с решением правительства от 23 июня 1922 г. о выводе японских войск из Дальневосточной республики личный состав и зоны ответственности вышеуказанных миссий к концу осени перешли под контроль ЯВМ в Харбине. По инициативе МИД, опасавшегося вмешательства военных в материковую политику империи и ответной негативной реакции великих держав, Военное министерство приказом от 6 ноября 1922 г. сократило в течение месяца штатную численность ЯВМ в Северной Маньчжурии до 4 старших и 1 младшего офицера, следствием чего стал отъезд в метрополию крупнейшего специалиста по России генерал-лейтенанта Хамаомотэ Матасукэ и ведущего разведчика-китаиста полковника Кудо Гокити, а также закрытие цицикарской резидентуры[96].
Кроме того, после ухода императорской армии из ДВР харбинская миссия и подчинённые ей разведорганы в Маньчжоули и Хэйхэ утратили большую часть агентурных позиций в Приморье, Приамурье и Забайкалье в связи с оттоком оттуда японских мигрантов, составлявших костяк агентурно-разведывательной сети. На связи у харбинской миссии остались в основном компактно проживавшие в Северной Маньчжурии японские переселенцы: согласно докладу начальника штаба Квантунской армии в Военное министерство от