Он первый обязал благочинных составлять ведомости о поведении духовенства и являться с отчетом к архиерею в конце каждого года. Распорядился, чтобы городские благочинные участвовали в заседаниях Консистории. Эта мера была направлена, на усиление власти благочинного, на поднятие его авторитета в глазах духовенства.
В уездных городах епископом Феофилом была создана должность Инспектора, в ведение которого было духовное правление и церковнослужители (пономари, дьячки). Впоследствии функции этих инспекторов будут исполнять городские благочинные. Деятельность инспектора контролировали ревизоры, которые могли внезапно явиться к инспектору и произвести строгий разбор всех его дел. В приходах была введена должность настоятеля, предпочтение при назначении настоятеля отдавалось тем, у кого было образование. Из благочестивых и исправных священнослужителей избирался духовник. Каждому такому духовнику было подведомственно 15 приходов, и священнослужители данных приходов обязаны были исповедоваться у него все четыре поста. Естественно все эти должностные лица обязаны были отчитываться перед епископом ежемесячно, а кое-кто и еженедельно. Все благочинные епархии в конце года приезжали в Тамбов для личной беседы с владыкой, т. е. проводились своеобразные благочиннические советы.
Другая сфера жизни епархии, на которую наложил свою руку вездесущий епископ, это контроль финансовых потоков городских церквей. Во все церкви он назначил своего казначея из священников, который записывал приход и расход в особую книгу. Не одна копейка церковных денег, таким образом, мимо владыки не проходила. В таком система управления епархией сохранялась лишь при владыке Феофиле. После его смерти исчезли должности инспекторов, ревизоров, казначеев.
Особое внимание владыки было сосредоточено на монастырях. Понятно, что от того, в каком состоянии находятся монастыри, зависели доходы епископской кафедры. Сами монахи должны были быть примером для подражания. Владыка Феофил и в устроении монастырей начал с делопроизводства. Архиереем была составлена единообразная форма формулярных списков для монашествующих, а также вменено в обязанность настоятелям монастырей ежемесячно присылать в Консисторию рапорты о состоянии подведомственных им монастырей и о поведении монашествующих.
Один из исследователей тамбовской церковной истории писал: