После 1846 г. П. Н. Игнатьев служил в Инспекторском департаменте Военного министерства; участвуя в венгерском походе, он заведовал строевой частью войск. В 1848 г. он был назначен попечителем Медико-хирургической академии, а в 1851 г. – ее президентом. В 1853–1854 гг. являлся витебским, могилевским и смоленским генерал-губернатором, а с декабря 1854 г. по октябрь 1861 г. – петербургским генерал-губернатором. Последний пост П. Н. Игнатьев вынужден был оставить в связи с волнениями студентов Петербургского университета, протестовавших против введения нового университетского устава.
Оставаясь с 1852 г. членом Государственного совета, П. Н. Игнатьев был назначен на новую должность председателя Комиссии прошений только в 1864 г. С февраля 1872 г. и до самой своей смерти он являлся председателем Комитета министров. Назначение на такую высокую должность представителя консервативных сил знаменовало собой усиление процесса внутриполитической реакции, начавшегося в конце 60-х гг.
Занимая высокие государственные посты, П. Н. Игнатьев тем не менее не был выдающимся государственным деятелем, а являлся лишь послушным дисциплинированным исполнителем решений высшей власти. Но его положение облегчало успешную карьеру его сыновьям Николаю и Алексею, из которых первый стал известным дипломатом, а второй занимал высокие государственные должности и в 1905 г. был председателем Особых совещаний по охране государственного порядка и по вопросам вероисповедания. В декабре 1906 г. он был убит во время заседания тверского земского собрания эсером Ильинским.
П. Н. Игнатьев был довольно состоятельным человеком. В Тверской губернии