С научными исследованиями В. М. Массона теснейшим образом связана его научно-организационная и педагогическая деятельность. В сущности это были части одного и того же процесса. С юных лет В. М. Массон участвовал в работах археологических экспедиций. Впоследствии он сам организовал и возглавил не одну такую экспедицию. В. М. Массон всегда придавал большое значение полевым исследованиям. Для него было ясно, что успехи молодой среднеазиатской археологии в значительной мере зависят от поступления новых материалов и их своевременного ввода в научный оборот. В молодые и зрелые годы он не только много «копал», но и много писал. Регулярно появлялись его статьи, заметки и книги, в которых публиковались вновь открытые материалы. Для оперативного освещения полевых и кабинетных исследований в Средней Азии В. М. Массон начал издавать такие периодические сборники, как «Каракумские древности» и «Успехи среднеазиатской археологии». По его инициативе и под его руководством проводились многочисленные конференции и симпозиумы, семинары и круглые столы. На их основе издавались тезисы и сборники трудов.
В 1968 г. В. М. Массон был избран зав. отделом археологии Средней Азии и Кавказа ЛО ИА АН СССР и возглавлял это крупнейшее подразделение института в течение 30 лет. При нем отдел превратился в крупнейший центр по изучению археологии древней истории Средней Азии. Его сотрудники проводили полевые исследования во всех основных среднеазиатских регионах и разрабатывали ряд ключевых проблем региональной археологии. Отдел также стал школой, в которой готовились высококвалифицированные кадры для среднеазиатской археологии. Со всех республик Средней Азии и Казахстана к В. М. Массону, М. П. Грязнову, А. М. Беленицкому, А. М. Мандельштаму ехали аспиранты и стажеры. Через несколько лет они, как правило, защищали кандидатские диссертации и возвращались на родину. Со временем эти люди составили ядро среднеазиатских археологов.
В 1982 г. В. М. Массон возглавил ЛО ИА АН СССР. Он взял курс на расширение исследований института и укрепление его внешних связей. Было заключено множество соглашений о сотрудничестве института с другими археологическими учреждениями Союза и ряда зарубежных стран. Благодаря им значительно улучшились контакты ЛО ИА – ИИМК. Примером может служить сотрудничество с Молдавией. В пору директорства В. М. Массона около 30 молдавских археологов смогли пройти стажировку или аспирантуру в институте. Многие из них подготовили и защитили диссертации в его стенах. Сотрудники же института получили доступ к новым молдавским материалам и возможность проводить полевые исследования на Днепре и Пруте. Такого рода сотрудничество было выгодно обеим сторонам.
С распадом Советского Союза положение в институте,