После окончания войны Ушаков был вызван в Петербург, год спустя произведен в вице-адмиралы, после того несколько лет командовал практической эскадрой на Черном море, руководил строительством Севастополя.
С ростом завоевательных устремлений Франции и созданием антифранцузской коалиции европейских государств с участием России Федор Федорович оказался в эпицентре событий, происходивших в Средиземноморье. В 1798 г. Павел I вступил в союз с недавним противником – Турцией, и Черноморскому флоту было поручено действовать вместе с турками в Средиземном море против французов. При этом полный адмирал Кадырбей получил от своего султана приказ не только быть в подчинении у русского вице-адмирала, но и учиться у него. Приняв в Константинополе под свое командование присоединившуюся к Черноморскому флоту турецкую эскадру, Ушаков направился в Архипелаг. Силою оружия он освободил из-под власти французов острова Цериго, Занте, Кефалонию, Святой Мавры и в октябре осадил важнейшую стратегическую базу Франции в Ионическом море – остров Корфу.
Атаковать Корфу с моря и взять крепость штурмом было чрезвычайно трудно, так как противник располагал большими силами и мощными укреплениями, а у Ушакова недоставало сухопутных войск, не было осадной артиллерии. Но четыре месяца блокадных действий у Корфу убедили русского флотоводца в необходимости штурма, и он организовал его блестяще. Овладение сильной крепостью и островом в короткие сроки (18—20 февраля 1799) стало образцом смелых, хорошо спланированных и согласованных действий кораблей и десантов союзников при решающей роли русской эскадры и ее экспедиционного отряда, проявивших себя исключительно доблестно. Узнав о победе Ушакова, Суворов воскликнул: «Зачем я не был при Корфу хотя бы мичманом!» За взятие крепости и острова Корфу Федор Федорович был произведен в адмиралы, кроме того, получил награды от турецкого султана и неаполитанского короля.
С выходом в апреле 1799 г. армии Суворова в Северную Италию Ушаков перенес свои операции к берегам Южной Италии, где его экспедиционные силы заняли ряд городов, включая Неаполь, и дезорганизовали коммуникации противника. Но вскоре отношения России с союзниками ухудшились, и Федор Федорович получил от Павла I приказ о возвращении эскадры