В 1775 г. Ушаков был переведен на Балтику и произведен в капитан-лейтенанты. На следующий год, командуя фрегатом «Северный орел», перешел к берегам Италии, в Ливорно. Став в Средиземноморье капитаном фрегата «Святой Павел», охранял русские торговые суда от нападения английских каперов. В 1779 г. он вернулся в Кронштадт, командовал линейным кораблем «Святой Георгий Победоносец», потом был назначен капитаном императорской яхты, что тогда считалось большой честью. Но придворная служба была не для Ушакова. Вскоре он отпросился с этой должности в эскадру контр-адмирала Сухотина и с ней совершил поход в Средиземное море, командуя фрегатом.
В 1783 г. Федор Федорович был откомандирован на Черное море, где Г. А. Потемкин создавал для России новый, Черноморский флот. Ушаков, уже в чине капитана 1-го ранга, активно участвовал в строительстве военно-морской базы в Севастополе, в постройке кораблей в Херсоне. Один из новопостроенных мощных линейных кораблей 60-пушечный «Святой Павел» поступил под его командование. Когда в 1787 г. Екатерина II посетила Севастополь и ознакомилась с созданным в короткое время флотом, она осталась очень довольна. В числе поощренных ею морских офицеров был и Ушаков, которого она произвела в капитаны бригадирского ранга. Через полгода началась русско-турецкая война, которая сделала имя Ушакова известным не только в России, но и за ее пределами. Но это случилось не сразу. Первый боевой поход черноморской эскадры во главе с контр-адмиралом М. Войновичем оказался неудачным. В виду Варны сильный шторм, продолжавшийся несколько дней, разметал корабли по морю, фрегат «Крым» затонул, линейный корабль «Мария Магдалина» занесло к туркам в Босфор, едва не погиб и «Святой Павел» Ушакова, но мужественный и искусный капитан сумел его спасти.
Летом 1788 г. эскадра вновь вышла в море и 3 июля встретилась с турецким флотом у острова Фидониси. Турки вдвое превосходили русских по числу кораблей, имели тройной перевес в орудиях и первыми открыли огонь по русскому авангарду («Святой Павел» и три фрегата). Расстояние не позволяло русским фрегатам вести эффективную стрельбу из 12-фунтовых пушек, и Ушаков, возглавлявший авангард, предпринял смелый маневр. Он приказал фрегатам обойти головные турецкие корабли с наветренной стороны, чтобы поставить их «в два огня», а