Впрочем, личная жизнь, в отличие от научной деятельности, у французского офицера не сложилась. Первый раз он женился в Ренне, где находился его гарнизон, на Анне-Шарлоте Делакруа де ла Тебодэ, с которой имел двух дочерей: Клотильду, рожденную 7 февраля 1801 года, и Августину, увидевшую свет 25 мая 1803 года, которую он называет «моя маленькая Антигона», и с кем он останется наиболее близок на протяжении всей своей жизни. Этот брак, по его словам, заключенный слишком рано, чтобы быть счастливым, долго не продлился. Вскоре он развелся с женой. Она умерла в 1823 году. Уже после объявления проскрипции от 24 июля 1815 года и своего бегства в Руан Жан-Батист Бори де Сен-Венсан встречает актрису руанской трупы Театр-Франсе Марию Гро: она за ним следует в годы изгнания между 1815 и 1820 гг. Кассильда, их первая дочь, родилась 17 мая 1818 года, а Атангида, вторая дочь, появилась на свет 22 июля 1823 года, но уже после развода своих родителей. Говорят, что больше Жан-Батист Бори де Сен-Венсан женщинами практически не интересовался, поскольку его поглощала одна неугасаемая страсть – наука и познание неведомого. Вот потому он и умер в одиночестве, уподобившись своему земляку и капитану мушкетеров д’Артаньяну.
Таким являлся французский офицер и выдающийся ученый, в ком бурно клокотали жизненная и творческая энергии, кто, непрестанно пребывая в сложных жизненных обстоятельствах, опубликовал столько книг и научных изданий, среди которых, пожалуй, одно из самых достойных мест занимает переведенный и изданный им апокалиптический ветхозаветный апокриф «Книга Господня» или «Ламуил». Причем трудился над ним разжалованный полковник Жан-Батист Бори де Сен-Венсан в тягостные годы проскрипции и изгнания из отчизны.