Жан-Батист Бори де Сен-Венсан во главе научного отряда, состоявшего из девятнадцати ученых, в том числе историка Эдгара Кине (1803–1875), архитектора Гийома Абеля Блуэ (1795–1853) и военного инженера-картографа Пьера Пейтье (1793–1864), высадился с фрегата «Кибела» в Наварине 3 марта 1829 года, присоединившись к французскому экспедиционному корпусу под командованием Жозефа Мезона. Здесь он встречается с начальником штаба экспедиционного корпуса генералом Антуаном Симоном Дюрье, уроженцем провинции Ланды, которого знал уже с десяток лет. Этот генерал обеспечил разжалованному полковнику дружеское содействие в научных исследованиях. Бори де Сен-Венсан, руководя своим ученым десантом, пребывал в Греции на протяжении восьми месяцев, проводя работы в Пелопоннесе, Аттике и на островах Кикладского архипелага, которые до сих пор не утратили своей научной ценности для страноведения: топографические карты, сделанные его отрядом, как считается, и поныне непревзойденного качества, а зарисовки, планы, чертежи, графические реконструкции разрушенных памятников сыграли свою ведущую роль в описании и систематизации эллинского наследия.
Возвратившись из своей продолжительной научной командировки, Жан-Батист Бори де Сен-Венсан в начале 1830 года получил академическое место в Институте, ставшее вакантным после смерти Жана-Батиста де Ламарка: тогда среди прочих за него проголосовали астроном Франсуа Араго (1786–1853), анатом и палеонтолог Жорж Кювье (1769–1832), а также химик барон Жак Луи де Тенар (1777–1857). В это же время он выступает вместе со своим старым другом Пьером Латреем в качестве одного из соучредителей энтомологического общества Франции, которое было старейшим из подобных научных объединений в мире.
В ходе знаменательных событий Июльской революции 1830 года, вознесших на престол герцога Луи-Филиппа Орлеанского, он храбро сражался на стороне повстанцев на баррикадах в парижском предместье Сен-Жермен. Победа, одержанная повстанцами, возвращает маршала Сульта на пост Военного министра (1830–1834), в результате чего 3 ноября того же года Жан-Батист Бори де Сен-Венсан оказывается восстановленным в своем чине и привилегиях полковника Генерального штаба, которых он лишился пятнадцать лет тому назад: он продолжил службу в армии, совмещая ее со своей исследовательской деятельностью, откуда уволился в 1842 года, то есть за четыре года до своей смерти. 1 мая 1831 года Жан-Батист Бори де Сен-Венсан (спустя двадцать лет без одного дня) был произведен в офицеры Почетного легиона. Однако, оказавшись избранным 5 июля того же года депутатом 3-го коллежа от округа Лот-и-Гаронна (Марманд) на место своего друга виконта де Мартиньяка, он из-за своих резко прогрессивных для своего времени взглядов (в частности, заявлений против наследования титула пэрства Франции, противоречащего равенству всех перед законом) сдал свой мандат уже 19 августа на том основании, что совмещал государственную службу