Еще Новгород остался державою народною; но свобода его была уже единственно милостию Иоанна и долженствовала исчезнуть по мановению самодержца. Нет свободы, когда нет силы защитить ее. Все области Новогородские, кроме столицы, являли от пределов восточных до моря зрелище опустошения, произведенного не только ратию Великокняжескою, но и шайками вольницы: граждане и жители сельские в течение двух месяцев ходили туда вооруженными толпами из Московских владений грабить и наживаться. Погибло множество людей. К довершению бедствия, 9000 человек, призванных в Новгород из уездов для защиты оного, возвращаясь осенью в свои домы на 180 судах, утонули в бурном Ильмене. Зимою Священноинок Феофил с духовными и мирскими сановниками приехал в Москву и был поставлен в Архиепископы. Когда сей торжественный обряд совершился, Феофил на амвоне смиренно преклонил выю пред Иоанном и молил его умилосердиться над знатными Новогородскими пленниками, Василием Казимиром и другими, которые еще сидели в Московских темницах: Великий Князь даровал им свободу, и Новгород принял их с дружелюбием, а Владыку своего с благодарностию, легкомысленно надеясь, что время, торговля, мудрость Веча и правила благоразумнейшей политики исцелят глубокие язвы отечества.
В исходе сего года явилась Комета, в начале следующего другая; народ трепетал, ожидая чего-нибудь ужасного. Иоанн же, не участвуя в страхе суеверных, спокойно мыслил о важном завоевании. Древняя славная Биармия, или Пермь уже в XI веке платила дань Россиянам, в гражданских отношениях зависела от Новагорода, в церковных от нашего Митрополита, но всегда имела собственных Властителей и торговала с Москвитянами как Держава свободная. Присвоив себе Вологду, Великие Князья желали овладеть и Пермию, однако ж дотоле не могли: ибо Новогородцы крепко стояли за оную, обогащаясь там меною Немецких сукон на меха драгоценные и на серебро, которое именовалось Закамским и столь прельщало хитрого Иоанна Калиту. В самом Шелонском договоре Новогородцы включили Пермь в число их законных владений; но Иоанн III, подобно Калите дальновидный и гораздо его сильнейший, воспользовался первым случаем исполнить намерение своего пращура без явной несправедливости. В Перми обидели некоторых, Москвитян: сего было довольно для Иоанна: