Никона удалили с тем, чтобы, во время его отдаления, решить его судьбу. В феврале 1660 года в Москве собран был собор, который положил не только избрать другого патриарха, но лишить Никона чести архиерейства и священства. Государь смутился утвердить такой приговор и поручил просмотреть его греческим архиереям, случайно бывшим в Москве. Греки, сообразивши, что против Никона вооружены сильные мира сего, не только одобрили приговор русских духовных, но еще нашли, в подтверждение справедливости этого приговора, какое-то сомнительного свойства объяснение правил Номоканона. Тогда энергически поднялся за Никона ученый киевский старец Епифаний Славинецкий. Он, в поданной царю записке, на основании церковного права, ясно доказал несостоятельность применения указанных греками мест к приговору над Никоном. Епифаний признавал, что собор имеет полное право избрать другого патриарха, но не может лишить Никона чести патриаршего сана и архиерейского служения, так как добровольно отрекающиеся архиереи не могут, без вины и суда, лишаться права носить сан и служить по архиерейскому чину. Доказательства Славинецкого показались так сильны, что царь остался в недоумении. Он решился снова обратиться к Никону с лаской и просить его, чтоб он дал свое благословение на избрание нового патриарха. Никон отвечал, что если его позовут в Москву, тo он даст свое благословение новоизбранному патриарху, а сам удалится в монастырь. Но Никона не решались призвать в Москву на собор; ему только дозволили воротиться в Воскресенский монастырь. Туда прибыл снова Никон и жаловался, что когда он находился в Крестном монастыре, то его хотел отравить черный дьякон Феодосий, подосланный крутицким митрополитом, его заклятым врагом. Феодосий со своими соумышленниками был в Москве подвергнут пытке; но темное дело осталось неразъясненным.
В Воскресенском монастыре Никона ожидала другая неприятность: окольничий Роман Боборыкин завладел угодьями, принадлежащими Воскресенскому монастырю. Монастырский приказ утвердил за ним эту землю. Между крестьянами Боборыкина и монастырскими произошли, по обычаю, споры и драки. Боборыкин подал жалобу в монастырский приказ, а приказ притянул к ответу монастырских крестьян. Тогда Никон написал царю длинное и резкое письмо, называл церковь гонимою, сравнивал ее с апокалипсическою женою, преследуемой змием. «Откуда, – спрашивал он царя в своем письме, – взял ты такую дерзость,