До сих пор мы не знаем в подробностях, как произошло охлаждение царя Алексея Михайловича, считавшего прежде патриарха своим лучшим другом. В 1656 году Никон был еще в силе, и его влиянию, между прочим, принадлежит несчастная война, предпринятая против Швеции. В 1657 году, по-видимому, также отношения между царем и патриархом еще были хороши. В это время патриарх занимался постройкой нового монастыря. Верстах в сорока от Москвы понравилось ему место, принадлежавшее Роману Боборыкину, на реке Истре. Никон купил у владельца часть его земли с селом и начал основывать там монастырь. Сперва он построил деревянную ограду с башнями, а в середине деревянную церковь и пригласил на освящение церкви царя Алексея Михайловича. «Какое прекрасное место, – сказал царь, – как Иерусалим!» Никону понравилось это замечание, и он задумал создать подобие настоящего Иерусалима: послал Арсения Суханова снова на Восток с целью достать и привезти точный снимок с иерусалимского храма Воскресения. Между тем он дал палестинские названия окрестностям своей начинающейся обители: явился Назарет, явилось село Скудельничье и т. п.; гору, с которой любовался царь, назвал Никон Елеоном, а реку Истру – Иорданом. Но потом, мало-помалу, на Алексея Михайловича начали оказывать влияние враги Никона, бояре: Стрешнев, Никита Одоевский, Трубецкой и другие. Бояре, как видно, задели чувствительную струну в сердце царя; бояре указали ему, что он не один самодержец, что, кроме него, есть еще другой великий государь. Алексей Михайлович был из таких натур, которые не могут жить без друзей и всегда подпадают их влиянию, но когда спохватятся и увидят свою зависимость – им делается стыдно, досадно и прежняя дружба начинает тяготить их. Царь, не ссорясь с Никоном, стал отдаляться от него. Никон понял это и не искал объяснений с царем, но вельможи, заметивши, что патриарх уже не имеет прежней силы, не утерпели, чтобы не дать ему этого почувствовать.
Сам царь развил в этом человеке властолюбие; он приучил его вмешиваться в государственные дела, и патриарху трудно было держаться в стороне от них. Зависимость церкви от государственной власти казалась ему нестерпимою, по мере того, как он терял прежнюю силу и влияние на дела государственные. С этих пор у него естественно, если не в первый раз явилось, то сильнее развилось стремление поставить духовную власть независимо от светской и церковь – выше государства. Это ясно видно из его критики на Уложение, которое подчинило духовных лиц суду приказов: монастырского и дворцового. «Ответ» Никона, хотя написан позже, но в нем отразился тот