Последовавшее за тем время, около десяти лет, можно назвать самым смутным временем в истории нашей митрополии.
III. Смутное время в митрополии и митрополит Киприан (1378–1406)
Многие снова убеждали преподобного Сергия Радонежского принять архипастырский сан, но напрасно. Митяй сильно враждовал на старца, предполагая в нем своего совместника и думая, что он-то внушил святителю Алексию не благословлять его, Митяя, на митрополию. Самого Митяя никто в России не желал видеть первосвятителем, ни епископы, ни прочее духовенство, а иноки даже молили Бога спасти Церковь от такого митрополита. Но избранник великого князя нимало не смущался. Совершенно неожиданно он нашел себе твердую опору в тогдашнем Цареградском патриархе Макарии. Этот патриарх, как только узнал о смерти святого Алексия, немедленно написал в Москву, чтобы отнюдь не принимали митрополита Киприана, и прислал грамоты свои на имя архимандрита Михаила (Митяя), о котором слышал, что он в чести у великого князя. Грамотами патриарх передавал Русскую Церковь Михаилу и предоставлял ему полную власть над нею еще до рукоположения его в сан архипастыря, а вместе приглашал его для рукоположения в Константинополь. Этим-то обстоятельством, которое не записано в наших летописях, объясняется, как Митяй, будучи только архимандритом, осмелился переселиться в митрополичий дом, надеть на себя белый клобук митрополичий, носить митрополичью мантию и жезл, садиться в алтаре на митрополичьем месте, распоряжаться всею прислугою, казною и ризницею митрополита, править делами Церкви, собирать дани с духовенства. Любимец великого князя действовал смело и грозно: он начал вооружаться не только на священников и иноков, но и против игуменов, архимандритов, самих епископов и осуждал их своею властию, многих даже сажал в железные оковы и строго наказывал. Скоро во всем духовенстве открылся ропот, все ненавидели Митяя и горько сетовали.
Таким настроением московского и всего русского духовенства, может быть, надеялся воспользоваться Киприан и счел благовременным отправиться в Москву. Не доезжая до этой столицы, он 3 июня 1378 г.