После нескольких удачных стычек с новгородцами войска великого князя нанесли им страшное поражение на реке Шелони (14 июля) и заставили их смириться. Нареченный владыка Феофил, старые посадники и житые люди приехали к Иоанну просить пощады. Великий князь смиловался, взял большой окуп (15500 рублей) и заключил с новгородцами новый договор (11 августа), по которому они обязывались пред великим князем и сыном его Иоанном Иоанновичем «за короля и великого князя литовского от вас, великих князей, нам, вашей отчине, вольным людям, не отдаваться никакою хитростию и князей нам у короля на пригороды не просить и не принимать, а на владычество нам избирать себе по своей старине, и владыке нашему ставиться в дому Пречистой, у гроба святого Петра чудотворца в Москве, и нигде нам, кроме Московского митрополита, владыки себе не ставить, а пошлины вам, великим князьям, и вашему отцу митрополиту от владыки нашего иметь по старине и лишнего не прибавлять». Через четыре месяца Феофил прибыл в Москву и декабря 15-го поставлен на архиепископию митрополитом Филиппом с пятью епископами.
С апреля 1472 г. главная забота митрополита Филиппа была сосредоточена на сооружении нового Успенского собора вместо прежнего, уже обветшавшего и частию обрушившегося. Но святитель едва только успел заготовить материалы для здания, разобрать прежний храм и начать новый. Через год (4 апреля) случился в Кремле большой пожар, от которого сгорел и митрополитский дом. Наутро, когда огонь стал утихать, митрополит пришел в деревянную церковь Успенского собора (временно устроенную) и со слезами начал петь молебен у гроба святителя Петра. Прибывший туда же великий князь, желая утешить святителя, говорил: «Бери у меня, отче, сколько хочешь хором и запасов». Но митрополит, изнемогши телом и почувствовав, что у него ослабела одна рука и нога, сказал князю: «Богу так угодно, отпусти меня в монастырь». Князь не согласился, а велел на время перевесть святителя в близ находившееся Богоявленское подворье Троицко-Сергиевой лавры. Здесь в ночь на 5 апреля митрополит Филипп скончался.
По зову