Doğu Türkistan’da bu kadar hareketli günler yaşanırken Sovyet Rusya ile Çin kendi sınır güvenliklerini sağlamak ve egemenlikleri altındaki milletleri baskılamak için daha fazla ortak hareket etmeye devam başlar. Bu stratejinin gereği olarak Sovyet Rusya 1930’larda Doğu Türkistan Genel Valisi ile anlaşma imzalayarak Çin tarafından Şarkî Türkistan İslam Cumhuriyeti’nin yok edilmesi için gereken bütün desteği sağlar. Çin ile Rusya’nın vardığı anlaşma neticesinde başlayan işgal hareketi sonucunda Şarkî Türkistan İslam Cumhuriyeti yeniden işgal edilir ve 1937’de bağımsızlığına son verilir (Dauilatova, 2007: 26-27).
Özellikle II. Dünya Savaşı ile beraber dünya yeni hareketlenmelere sahne olur. Bu süreci Uygur Türkleri de olumlu anlamda kullanmak isterler ve 1940’lı yıllarda yeniden bağımsızlık hareketleri etrafında toplanmalar ve ayaklanmalar başlar. Bu başkaldırılar 1944 yılında netice verir. Alihan Töre’nin Cumhurbaşkanlığında Şarki Türkistan Cumhuriyeti kurulur. Üç Efendiler olarak bilinen Yusuf İsa Alptekin, Mehmet Emin Buğra ve Mesut Sabri yönetimde etkin rol oynarlar. Yönetim kadrosu her ne kadar Çin ve diğer komşuları ile iyi ilişkiler kurmayı hedeflese de beş yıl süren bağımsızlıktan sonra Çin’de yönetimi ele geçiren komünist kadrolar Doğu Türkistan’da kurulan Şarki Türkistan Cumhuriyetini işgal eder. Yöneticilerin çoğu vatanını terk etmek zorunda kalırken halk da o günden bugüne her geçen gün dozu artan türlü türlü sıkıntı ve eziyete maruz kalmak suretiyle yaşamını devam ettirmeye çalışmaktadır (Başkaya, 2019: 217).
Uygur Türklerinin yaşadığı Doğu Türkistan’ın başlıca şehirleri Urumçi, Karamay, Kaşgar, Kumul, Aksu, Hoten, Turpan, Yarkent, Kuça, Gulca’da Türk topluluklarının nüfusu güncel verilere göre yüzde elli beş iken Çinli nüfus yüzde kırk beş civarındadır. Oysa aynı bölgede 1949 yılındaki verilere göre Çinli nüfusun toplam nüfusa oranı yüzde beştir (Oğuzhan, 2018: 13). Bu orantısız nüfus değişiminin Çinlilerin hiçbir insanî ve toplumsal kaygı taşımaksızın coğrafyadaki kaynakları sömürmek amacıyla XXI. yüzyılın ilk yarısında yürüttüğü işgal politikasına uygun olarak bölgeye yerleştirdiği 150 milyon Çinli nüfus sonucu olduğu iddia edilmektedir (Kaşgarlı, 2011: 16). Yoğun nüfus hareketliliğine bağlı olarak coğrafyanın inanç haritası da oldukça farklılık göstermektedir. 1950-60’lı yıllara başkent Urumçi’nin yerli ve Müslüman nüfus %90 civarında iken 2000’li yıllarda yerli halk ve Müslüman nüfus neredeyse azınlık durumuna gelir ve giderek de erimeye devam etmektedir. İslamiyet ile birlikte Lamaizm (Tibet Budizmi), Budizm, Taoizm, Hristiyanlık (Katolik-Ortodoks), Şamanizm gibi inanışları da Doğu Türkistan coğrafyasında nüfusun değişkenlik oranına göre görmek mümkündür (Tuna, 2012: 9, 17). Bugün yaşanan pek çok sorunun temelinde eldeki verilerden hareketle Çinlilerin işgal politikalarının bulunduğu rahatlıkla söylenebilir.
Tarihî süreç, coğrafya, yaşam tarzı, inanç gibi kültür unsurlarının etkisi ile Türk dilinin ana kolundan ayrılan Uygur Türkçesi, Göktürk yazı dilinin etkisini yitirmesinden sonra bugün Eski Uygurca olarak adlandırılan bir yazı dili kimliği kazanır. XV. yüzyıldan sonra ise Müşterek Orta Asya Türkçesinin tarihî mirasına bağlı olarak ortaya çıkan Çağatay Türkçesinin devamı niteliğinde bir yazı dili haline gelir. Siyasî ve sosyal gelişmeler sonrasında XX. yüzyılda daha önce kullanılan Uygur yazı dili yeniden düzenlenerek Yeni Uygurca halini alır. XX. yüzyılın ilk çeyreğine kadar eserlerinde Arap alfabesini kullanan Uygur Türkleri bu tarihten sonra siyasî nedenlerle farklı alfabeler kullanırlar. Doğu Türkistan’da yaşayan Uygur Türkleri 1954-1978 yılları arasında bir dönem Latin alfabesini kullanmışsa da 1978’den bugüne kadar tekrar Arap alfabesini kullanırlar. Sovyetler Birliği hâkimiyetindeki coğrafyada yaşayan Uygurlar ise 1930-1940’lı yıllarda Latin alfabesini kullandıktan sonra ise Kiril alfabesini kullanmaya başlarlar (Buran-Alkaya, 2013: 193-194).
Uygur Türkleri Türk edebiyatının gelişim sürecinde de oldukça etkili olur. Özellikle Türk dünyasının inanç, yaşam tarzı, dil gelişimi, siyaseti gibi birçok kültür birikiminin bugüne aktarılmasına eski Uygur metinleri önemli bir katkı sağlar. Bunlardan Budizm din adamlarının menkıbelerinden oluşan yedi yüz sayfalık Altın Yaruk, Budizmin prensiplerini ve felsefesini anlatan Sekiz Yükmek, yine aynı inancın hayat düsturlarını iyi ve kötü düşünceli prenslerin hikâyeleri üzerinden anlatan Kalyanamkara ve Papamkara Hikâyesi, bir fal kitabı olan Irk Bitig isimli eserler en dikkat çekici olanlarıdır (Güleç, 2014: 3).
Edebiyat, bir sanat olarak içeriği ile toplumların düşünce dünyasını ve hayat pratiğini etkileyen bir güce sahiptir. Buna karşılık edebiyatın; toplumun içerisinde bulunduğu hayat şartlarından, duygu ve düşünce durumundan doğrudan etkilendiği de bir gerçektir. Bu etkileşim sebebiyle bazen sanat kendi içerisine kapanarak sanat, sanat içindir anlayışına uygun olarak kendisini bir amaç olarak konumlarken, bazen de sanat toplumsal hayata kendisini tüm imkânlarıyla açarak sanat toplum içindir anlayışının bir aracına dönüşür. Uygur edebiyatının özellikle son dönemlerinde toplumun yaşadığı işgal, baskı ve bunlara direniş sürecinin anlatılmasında edebiyatın tüm imkânlarının bir araç olarak kullanıldığı görülür. Böylelikle Uygur yazar ve şairler eserleri aracılığıyla toplumun yaşadığı işgal ve zulümden kaynaklanan felaketleri eserleri ile ortak bir bilinç oluşturmak için yayarken halkın direnişini ve ümidini taze tutmaya çalışır. Bu eserleri hazırlarken bazen toplumun tüm derdini doğru olarak tespit eden, çareler öneren bir sosyal bilimci, bazen olanların geçmişle bağını kurarak geleceğe dönük çıkarımlar yapan bir tarih bilimci, bazen de olup bitenleri yaşanılan coğrafya üzerinden değerlendiren bir tabiat bilimci davranarak çok yönlü eserler ortaya koyarlar.
Uygur Türklerinin yaşadığı coğrafyada XIX. yüzyılın ilk yarısında başlayan ve halen devam eden Çin’in baskıcı ve yayılmacı siyasetine karşı çıkan pek çok halk kahramanının sözlü ve yazılı edebiyat ürünleri ile toplum lideri olarak destanlaştırıldığını görmek mümkündür. İşgal, sömürü ve zulüm ile mücadele sürecinde sözlü ve yazılı olarak verilen eserlerden Çin’e karşı 1827 mücadelesine katılan Nazugum adlı kadının başından geçenlerin anlatıldığı Nazugum Destanı ile 1841-1842 yıllarında kaleme alınan 30 binden fazla mısralık Garibler Hekayatı Uygur edebiyatına kazandırılan önemli eserlerdir. Bu dönemde önemli kalem erbapları olarak; Abdurrahim Nizari, Mir Hasan Saburi Seyyid Muhammed Kaşi, Molla Şakir ve daha niceleri sayılabilir. XX. yüzyılda ise; Arzu Muhammed, Umudi, Muhammed Alem, Musa Seyrami, Mesyut