Власть царевны лишилась своей главной опоры, 7 сентября 1789 г. издан указ об исключении имени царевны Софии из титула. Молодые цари заточили бывшую регентшу в Новодевичий монастырь, казнив ее приближенных. Голицын отправлен в ссылку, где и умер.
Поначалу Софья не была пострижена в монахини, а жила в монастыре мирянкой. Ее посещали сестры, она вела с ними беседы, но политические события в стране снова вернули ее на сцену.
Придя к власти, Петер начал активно продвигать свои новые идеи, во многом рожденные политикой отца, старшего брата и сестры. В 1697 г. он отправился в Великое посольство – заграничную поездку с дипломатическим корпусом. Путь посольства пролегал через Австрию, Саксонию, Бранденбург, Голландию, Англию, Венецию и Рим, где была намечена аудиенция у Папы римского.
Пока Петр изучал кораблестроение в Саардаме и любовался садами Версаля, по Москве пошли слухи, что царевна говорила, будто Петр I не ее брат, что в Европе его подменили. К тому же выведенные из терпения тяжелыми условиями службы, четыре стрелецких полка на пути из Азова к западной границе возмутились, подстрекаемые сподвижниками Софьи. Узнав о бунте, Петр возвращается на родину.
Мятежников разгромили под Воскресенским монастырем. Царь прибыл в столицу 25 августа и начал допросы. Он сам допрашивал сестру, та наотрез отказалась от всякого участия в мятеже. Легенда гласит, что, выходя из кельи Софьи, царь произнес с сожалением: «Умна, зла, могла бы быть правой рукой». Но даже если эта легенда правдива, несмотря на уважение, выказанное сестре, Петр повесил 195 человек под окнами Новодевичьего монастыря и не позволял снимать трупы на протяжении 5 месяцев. В Москве ежедневно проходили казни, погибло 772 человека.
Царь приказал постричь в монахини Софью, а также двух ее сестер – Марфу и Феодосию, которые чаще всего посещали ее в монастыре. Однако и после этого Петр не успокоился, в монастыре постоянно находился отряд, который стерег «инокиню Сусанну», так теперь звали Софью. Софья скончалась 3 (14) июля 1704 г. и похоронена в Новодевичьем монастыре, а не в Воскресенском монастыре в Кремле, где лежали остальные московские царицы и царевны. Спустя почти 100 лет другая царица – Екатерина II – скажет о ней такие слова: «Когда посмотришь на дела, прошедшие