В свою очередь в апреле 1979 года от Организации партизан федаинов Иранского народа отделились Иранские народные партизаны-федаины. Их лидером стала женщина, представительница азербайджанского национального меньшинства Ашраф Дегхани. Родившаяся в 1948 году Дехгани стала революционеркой-партизанкой, одной из самых известных женщин сопротивления как шахскому режиму, так и режиму аятолл. Дехагани подвергалась репрессиям и пыткам, и в 1973 году успешно бежала из тюрьмы. В эмиграции во Франции Ашраф опубликовала книгу врспоминаний «Пытки и сопротивление в Иране».
К моменту начала массовых антишахских выступлений вооруженное левое подполье представляло собой грозную силу. Одна только Моджахеддин-э хальк насчитывала в своих рядах сто тысяч членов, и именно левые сыграли решающую роль в свержении монархии в крупных городах. Первоначально организация приветствовала Исламскую революцию 1979 года и захват американского посольства в Тегеране, однако, достаточно быстро перешла в оппозицию к новому правительству и возобновила вооружённую борьбу. В отличие от партии Туде, которая расценивала происходящее, как антиимпериалистическую революцию, иранские городские партизаны быстро распознали реакционный характер клерикального режима, установившегося после 1979 года, и перешли к сопротивлению новым властям.
Если с федаинами, организация которых была подорвана репрессиями САВАК, Корпусу стражей исламской революции удалось справиться достаточно быстро, то Моджахеддин-э халк сумели нанести исламской республике чувствительные удары.
28 июня 1981 года был произведён взрыв в штаб-квартире Исламской республиканской партии, унёсший жизни 72 высших правительственных чиновников, включая лидера правящей партии и председателя Верховного суда аятоллу Мохаммада Хосейни Бехешти, второго лица в государстве.
30 августа в результате организованного народными моджахединами взрыва в канцелярии премьер-министра погибли президент Ирана Мохаммед Раджаи, премьер-министр Мохаммед Бахонар и министр внутренних дел полковник Вахид-Достгерди, тяжело ранен министр обороны и представитель Хомейни в Высшем совете обороны Ирана Муса Намджу.
Фактически летом-осенью 1981 года в стране шла полномасштабная гражданская война между Организацией моджахединов иранского народа и исламским государством.
В сентябре уличные бои велись в Мехабаде, 5 сентября прогремел взрыв канцелярии Генерального прокурора исламской революции аятоллы Али Коддуси, унесший жизнь ее начальника, 12 сентября в Тебризе партизанами был убит бывший бывшего в президенты от исламистов аятолла Амодалла Мадани.
К февралю 1982 года силы народных моджахединов оказались истощены. Лидер организации Масуд Раджави еще 29 июля 1981 года, вынужден был покинуть стану и эмигрировать во Францию, а 8 февраля 1982 года погиб в бою организатор и стратег иранской