Нуждалась в своих шифровально-дешифровальных подразделениях также и военная разведка. Поэтому 8 ноября 1918 года приказом Полевого Штаба (далее – ПШ) РВСР № 46 в соответствии с приказом РВСР № 197/27 от 5 ноября в составе образованного Регистрационного (разведывательного) Управления (сокращённо – Региструпр), в его Агентурном отделении, были введены должности «заведующего шифром» и его помощника (Владимир Александрович Панин и Пётр Борисович Озолин соответственно). А 13 ноября того же года приказом РВСР № 217 было создано шифровальное отделение Отчётно-организационного отдела Организационного управления ВГШ РККА со штатом 14 человек.
21 июня 1919 года в утверждённом приказом РВСР № 1018/186 новом штате Региструпра ПШ РВСР появилась «шифровальная часть» (начальник – В.А. Панин, его заместитель – П.Б. Озолин). А 20 сентября 1920 года в утверждённом приказом РВСР № 1951/364 новом штате Региструпра появились шифровальное отделение (начальник – П.Б. Озолин) и отделение связи (начальник – Вольдемар Янович Закис).
Будучи заинтересованной в использовании данных шифропреписки, ВЧК направляла материалы для дешифровки в военные органы. Вот один из таких документов: «В Полевой штаб Реввоенсовета Республики. 14.IV.1920. Согласно резолюции начальника отдела обработки материалов Особого отдела ВЧК при этом сопровождаются три копии перехвата неприятельских радиограмм от 3 и 4 апреля с просьбой расшифровать в срочном порядке и вернуть в отдел обработки материалов ОО ВЧК».
Через 20 дней, 4 мая 1920 года, в ПШ РВСР был послан вторичный запрос по этому вопросу. И только в июне был получен типичный для подобной ситуации того времени ответ: «Ввиду невозможности установить ключ к этим телеграммам последние возвращаются в нерасшифрованном виде…».
В то же время были созданы аналогичные шифровальные структуры в Главном артиллерийском управлении, Управлениях связи, снабжения, военных сообщений и других. В более низовых звеньях управлений шифровальных органов, как таковых, не было и вся работа по данному вопросу велась, как правило, по совместительству, без надлежащих норм секретности и конспирации, чаще всего необразованными и неподготовленными должным образом людьми.
На линиях связи Советской республики, в основном, применялись шифры простой и пропорциональной замены. В период борьбы с адмиралом Врангелем советской стороной применялся шифр «Республика», представлявший собой шифр Виженера с чередованием букв алфавита внутри квадрата в соответствии с ключом-лозунгом. Не менее широко применялись шифры «Москва» и «Секунда».
Шифр «Москва» также представлял собой шифр Виженера, где в качестве лозунга использовался тот же открытый текст, но сдвинутый на один шаг вправо, иначе процесс дешифровки был бы невозможен. При этом первая буква лозунга заранее оговаривалась