Столь же органичным результатом эволюции средневековой культуры оказалась концепция «двух истин», прошедшая почти тысячелетие от Августина (354–430) до Фомы Аквинского (1225–1274). В условиях набирающих силу научных исследований, все более подрывающих религиозные догмы, эта концепция утверждала, что догматы веры, свет откровения не противоразумны, а сверхразумны, составляя область высших истин, не подлежащих обсуждению. Вместе с тем считалось возможным допущение «истин разума». Такой компромисс оказывался спасительным и для религии, и для науки. Сам «ангельский доктор», в рамках этой концепции, предпринял попытку разработать «теологическую космологию», опять-таки сохранявшую планетарную модель Аристотеля – Птолемея. Примечательно, в смысле эволюции научного мышления, что в «естественной теологии» Фомы даже божественная воля осуществляет выбор на разумных основаниях, а законы сотворенного и направляемого ею мира находятся в строгом соответствии с законами логики.
При непоколебимости догматов значительный простор для мысли сохранялся в комментариях, систематизации и толкованиях, вполне органичных для средневековой культуры. От античности сохранилось и даже приумножилось уважение к логике. Была создана своеобразная «логическая машина» (Раймунд Луллий, 1274 г.), которая, действуя наподобие современного арифмометра, позволяла совмещать различные положения христианской доктрины, «открывая» все новые качества творца. В средневековой схоластике обсуждались не только вопросы типа «сколько ангелов уместятся на кончике иглы» или «сможет ли всемогущий бог сотворить такой огромный камень, чтобы и сам не смог его поднять». Огромное эвристическое значение (греч. эврика – поиск, открытие) имел так называемый метод «воображаемых допущений». Его использование позволяло, например, «чисто теоретически», обсуждать вопросы, приведет ли к логическому противоречию допущение вращения земли вокруг Солнца. Итог этих схоластических дискуссий («нет, не приведет»), известный Копернику, напрямую лег в его гелиоцентрическую концепцию, когда к этому – при наличии созревших социокультурных условий – привела внутренняя логика науки.
Была признана логическая допустимость не только движения Земли, но даже бесконечной Вселенной. Последняя идея, будучи опять-таки порожденной объективным ходом развития механики, находила вполне убедительную схоластическую аргументацию: конечная вселенная есть конечное благо, меж тем как Бог, воплощенный в своем творении, бесконечно благой. Новая для науки мысль о вечности мира (совечности Богу) обосновывалась тем, что если бы Бог сотворил мир, значит, ему что-то недоставало (Аверроэс). Была реабилитирована идея пустоты (как «ничто», из коего Бог сотворил мир).
Конечно, церковь сохраняла бдительность к подобным «играм ума». Так, в 1277 г. парижский архиепископ Этьен Тампье наложил запрет на 13 тезисов аристотелистско-аверроистского толка, приписываемых Сигеру Брабантскому.