С XVI века значение Кале как неприступной крепости стало падать и крепостные стены используются разве, что для содержания почетных невольников, в числе которых с 1659 по 1678 годы находился в заточении русский боярин Василий Борисович Шереметьев и почти одновременно с ним польский гетман Потоцкий.
Бесконечные войны, в которых караимы несли определенные потери мужского населения, привели к тому, что к моменту утраты Крымским ханством независимости и вхождению в состав России, число их, по мнению самих караимских исследователей (Ю. Кокизов), не превышало и 3000 человек.
С включением Крыма в состав России статус караимов изменился. Крепость никакой стратегической ценности не представляла, и их многовековая военная служба оказалась никому не нужной. Начался массовый исход караимов из Кале в Бахчисарай, Евпаторию, которая в XIX веке становится неформальной караимской столицей.
Покорение Крыма и почти одновременный раздел Польши наряду с проблемами обычного порядка, вновь породил в России пресловутый еврейский вопрос, который в свое время «закрыл» Петр Первый, при котором евреи были просто изгнаны за пределы страны. Первоначальные намерения более просвещенной Екатерины не носили дискриминационного характера, но давление со стороны купечества, почувствовавшего мощного конкурента, было столь велико, что она была вынуждена ввести «черту оседлости», затем появились и другие дискриминационные законы.
Не просто проходила интеграция караимов в новую жизнь уже в Российской империи. Привычное и безвредное «чуфутлаp» или «егуди», как называли по исповедуемой ими религии татары, что в переводе означало совершенно безобидное в то время – «иудей», новыми властями было понято коротко и безапелляционно – жиды! И вот тут караимскому народу, хоть и не надолго, но пришлось узнать почем фунт лиха. Государственная машина империи обрушивала на них все новые и новые: «нельзя», «не положено», «запрещено», «только не для евреев»… Караимы всполошились. Веками, проживая в атмосфере веротерпимости и уважения к чужим религиям и верованиям, они были шокированы. На обращение к властям о причинах такого отношения им сквозь зубы