Что касается ваджраяны, то Ламой Цонкапой был написан ряд комментариев к тантрам Ваджрабхайравы, Чакрасамвары, Калачакры, Гухьясамаджи – таких как «Ясное описание пяти стадий Гухьясамаджи» (gSang-'dus- rim-lnga-gsal-sgron); комментарий к «Ритуалу мандалы Гухьясамаджи из двадцати строф» – тексту ученика Нагарджуны Нагабодхи и др. Грандиозным обобщением учений и практик тантр явился его трактат «Большое руководство по этапам тантры» (sngags-rim-chen-mo).
Примечательной чертой Ламы Цонкапы как философа и ученого являлось то, что, как правило, он создавал свои трактаты в ритодных условиях и при непосредственной поддержке идамов, практики которых он выполнял. Опора на сверхобычную связь с идамами – то, что с точки зрения современного академического рационализма выглядит как мифологизация его личности и творчества, в контексте буддийской учености квалифицируется как проявление высшего рационализма, основанного на единстве философии и медитации. Это явление не столько «нормальное», сколько вполне возможное и рационально объяснимое в махаянской традиции мировосприятия и концепции реальности, связанное также с активизацией сверхобычных ментальных ресурсов, превышающих возможности обычного интеллекта. Поэтому тексты Цонкапы являются не просто философским дискурсом, а результатом его медитативных инсайтов и духовного опыта. Все главные труды – тексты «Ламрим», важнейшие тантрические тексты, включая «Нгагрим-ченмо», и основные философские трактаты – имеющий огромное герменевтическое значение текст «Легше-ньингпо» (Legs-bshad-snying-po), «Океан аргументов» (Rigs-pa'i-rgya-mtsho) – комментарий к «Муламадхьямакакарике» Нагарджуны, «Разъяснение