Год от года популярность Бабеля росла. В середине 1920-х он становится одним из наиболее популярных советских писателей. В одном лишь 1925 году вышли отдельным изданием три сборника рассказов. В следующем году вышел первый свод его новелл из «Конармии», который пополнялся в последующие годы. (Задумано было 50 новелл, опубликовано – 37, последняя – «Аргамак».)
В 1925 году приступает к работе над сценарием «Беня Крик» и пишет пьесу «Закат».
В середине и второй половине 1920-х Бабель создает (по крайней мере, публикует) почти все произведения, которыми он вошел в советскую литературу и остался в ней.
Его часто приглашали на вечера, устраиваемые кремлевскими женами. В ту пору было модно иметь свой литературный салон. По Москве тогда ходили слухи о том, что у Бабеля сложились близкие, даже интимные отношения с женой Ежова, красавицей Евгенией Соломоновной. Бабель часто председательствовал на литературных собраниях «гражданки Ежовой», на которых присутствовали и такие светила советской культуры, как Соломон Михоэлс, Леонид Утесов, Сергей Эйзенштейн и Михаил Кольцов. На одном из таких собраний Бабель произнес сакраментальное: «Подумать только, простая девушка из Одессы стала первой дамой королевства!»
Но 15 мая 1939 года жизнь известного советского писателя резко изменилась…
Хрущев в своих мемуарах вспоминал, что Сталин и Берия в конце 1930-х годов планировали арест жены Ежова. Предупрежденная мужем Евгения Соломоновна покончила с собой в больнице. 11 мая 1939 года комиссар госбезопасности Кобулов допрашивал арестованного Ежова о том, что представлял собой литературный салон его жены. Бывший «железный нарком» рассказывал, что особая дружба связывала его жену с Бабелем, который, как известно, «все время вертелся в подозрительной троцкистской среде и, кроме того, был тесно связан с французскими писателями». И 15 мая 1939 года был арестован и сам Бабель – на даче в Переделкино. Со дня своего ареста Исаак Бабель стал не востребован в Советском Союзе, его имя было уничтожено, изъято из литературных словарей и энциклопедий, вычеркнуто из школьных и университетских учебников. Он стал неприемлемым в любой публике. Когда в следующем году состоялась премьера фильма знаменитого режиссера Марка Донского, имя Бабеля, который работал над сценарием, было убрано с финальных титров. Согласно досье Бабеля, писатель провел на Лубянке и в Бутырской тюрьме в общей сложности восемь месяцев, пока против него фабриковалось уголовное дело за троцкизм, терроризм