Казалось бы, В. Н. Коковцов должен был воспринять реформаторский потенциал этого государственного деятеля, сумевшего возложить на органы министерства финансов, фактически, скрытое пособничество в предпринимательской деятельности ряда высших чиновников и самого самодержца. В. И. Гурко отмечает, что именно С. Ю. Витте «загубил» «широкий полет мысли»[104] В. Н. Коковцова, состоявшему на должности товарища министра финансов и управляющему теми департаментами министерства, задача которых состояла в возможном накоплении средств казны. Главная работа В. Н. Коковцова состояла в эту пору в отстаивании в Государственном совете тех возражений Министерства финансов, которые оно неизменно предъявляло на всякие требования других ведомств об увеличении ассигнуемых им средств. Витте акцентировал, что увеличение богатства страны, а следовательно, и приток средств в Государственное казначейство зависит не от экономии в расходовании этих средств, а кроется в умелом поощрении развивающихся или способных развиться отраслей национального хозяйства. Раздачу же всевозможных субсидий, ссуд и дотаций он сохранил всецело за собой, причем проходили они через департаменты, Коковцову не подчиненные. В. Н. Коковцову же Витте «предоставил тяжелую и неблагодарную задачу урезывания отпуска государственных средств на все потребности страны, какое бы значение они не представляли. Превратившись в министра финансов, Коковцов сохранил в полной мере те черты часового у казенного сундука, обязанности которого он в течение многих лет исполнял ранее. Логический ум, литературная образованность, весьма гладкая и обстоятельная речь прикрывают у него отсутствие широкого полета мысли и отсутствие фантазии».[105]
В. Н. Коковцов в период работы товарищем министра финансов руководил департаментами государственного казначейства и окладных сборов, а также был председателем