В результате искусственного сращивания в историографии эпизода с Юрием Звенигородским и эпизода с Шемякой, возникает историографическая аберрация, из-за которой весь 37‐летний период правления Василия II предстает как эпоха сплошной нестабильности и неустойчивости великокняжеской власти. Хотя в совокупности периоды, когда власть московского государя была непрочна и всерьёз оспаривалась, не составили в общей сложности и 5 лет. Всё остальное время большая часть Московского государства провела в мире и сравнительной стабильности. Сравнить это с бойней, шедшей в Англии, где при Таутоне в один день погибло 12 000 преимущественно знатных воинов, попросту невозможно.
Если мы откажемся от представления об эпохе Василия II как о времени непрерывной династической войны, то нам станут лучше понятны её парадоксальные итоги. Именно в этот период Москва становится безусловным гегемоном среди всех русских земель. Как отмечает М. М. Кром, великое княжение «превратилось в монархию с явной тенденцией к единодержавию. Многие уделы были ликвидированы в ходе междоусобной борьбы, а те, что остались или были заново созданы по завещанию Василия II, или потеряли былую автономию, а их владельцы из “братии молодшей” великого князя превратились в его, “великого господаря”, подданных».
Правление Василия Тёмного было эпохой наращивания Москвой своих сил для решительного превращения в Россию. Огромную роль в этом сыграла реорганизация талантливейшим воеводой Фёдором Басенком Государева Двора, превратившегося в полноценную военно-административную корпорацию, сделавшуюся, по выражению А. А. Зимина «организатором побед Василия II и кузницей кадров для администрации Русского государства».
Василию удаётся спроецировать внутренний конфликт в московском великом княжестве на внешние отношения и под предлогом борьбы со своими врагами (в лице семьи отравленного Шемяки) добиться военного разгрома и политической капитуляции Новгорода – новгородцы признают гегемонию московского «великого господаря» во внешней политике и законодательстве, его право суда, заменяют свою печать на документах – его печатью. После Яжелбиц-кого мира 1456 года деяния Ивана III – шелонский разгром 1471 года и присоединение 1478 года – были уже, в сущности, чисто технической задачей, поэтому без преувеличения можно считать именно Василия II и его Двор подлинными покорителями Новгорода и создателями московского великодержавия.
Наконец, именно Василий II решительно отверг Флорентийскую унию, изгнал латинствующего митрополита Исидора и учредил автокефальную Русскую Церковь во главе с митрополитом Ионой, сделав Москву подлинным «Ноевым Ковчегом» православного мира. В 1441 году прибывший в Москву Исидор был немедленно изгнан после попытки совершить литургию с поминанием папы и оглашения документа о заключении унии. Москва отвергла унию сразу же и предельно решительно. Москва