(им собран очень большой архивный материал). Вторая книга – «Сибирские инородцы в XVI–XVII веках» – также была готова в 1920-е годы, но не вышла. Господство М. Н. Покровского и социологизма в исторической науке имело глубокие корни. Последний желал овладеть и академической наукой. Зимой 1930 года С. В. арестовали с группой московских и ленинградских историков по «Академическому делу» и доставили в тюрьму Ленинграда. В августе 1931 года он сослан в ссылку в Семипалатинск, где стал очевидцем великого голода и мора тысяч людей, чувствуя себя песчинкой в фатальных исторических сдвигах. Работал в библиотеке, преподавал историю русского языка в местном пединституте. Все это было очень далеко от науки. С возрождением исторической науки в 1933 году Бахрушин был досрочно возвращен из ссылки. Эпоха «великого страха» наложила узду на его мысль и перо. Если его книги и статьи 1920-х годов еще раскованны, то все последующие написаны с оглядкой и мощной самоцензурой. Цитатничество и начетничество из работ Маркса, Ленина, Сталина стали стилем научной работы множества советских историков (и Бахрушина тоже). Но все же исследования давних эпох (до XIX века) можно было вести свободнее. С 1934 года он преподает в МГУ, с 1936 года до смерти – сотрудник Института истории АН СССР (в 1940– 1950-х годах – зав. сектором истории СССР до XIX века).

      Работы было много. Бахрушин готовил к печати «Историю Сибири» Г. Ф. Миллера, «Историю России» С. М. Соловьёва, главы в «Историю дипломатии», дорабатывал свои статьи 1920-х годов, а кроме того, читал лекции в университете, много сидел над срочными заказами учебников для вуза и школы. Главный его помощник – В. И. Шунков. Редактирование и учебники отдаляли ученого от архивов и науки. Большой любитель и мастер рисунков, он с юмором делал зарисовки разных эпизодов своей жизни. Его фактически достоверные популярные статьи принесли историку широкую известность. С 1939 года он член-корреспондент АН СССР.

      В учебнике по истории СССР для вузов (Т. 1. 1939) историк изложил свою, как он считал, марксистскую концепцию образования государства на Руси в XV веке. Схема Ф. Энгельса о развитии феодализма в Западной Европе механически наложена им и К. В. Базилевичем на Россию. Он считал это реализацией идей марксизма. Такое упрощенное догматическое понимание исторического процесса стало на долгие годы, по мнению А. М. Дубровского, считаться марксистским эталоном в науке.

      Более 40 работ ученого посвящено истории Сибири. Значительно его участие в публикации документов. Замечательны работы С. В. в мемуарной серии книг «Записки прошлого» (издательства Сабашниковых 1920-х годов). В 1941–1945 годах основные силы отданы агитационной литературе. После войны – продолжение основных научных тем жизни: история Сибири, купечества и торговли, история Москвы… Книга о русском рынке XVI века – его последний труд («Очерки по истории ремесла, торговли и городов Русского централизованного государства XVI – начала XVII вв.». 1952), в котором доказывал формирование всероссийского рынка уже в XVI веке. После смерти ученого выпущен четырехтомник его научных трудов.