В 1907 году историк женился, через год у него родился сын Михаил. Ведет много занятий: понедельник и вторник – лекция и семинар в духовной академии (Сергиев Посад), среда – Высшие женские курсы, четверг и суббота – Московский университет. С 1910 года – профессор, с 1911 года – преемник В. Ключевского на кафедре в университете. Желал сберечь традиции последнего в университете. Человек консервативный, он считал противление власти ненужным. А. А. Кизеветтер так нарисовал облик М. М.: «Богословский говорил басом, имел вид степенного и положительного человека, ступал твердо, его телодвижения были медленны, но вески. На первый взгляд его можно было принять за человека тяжелого во всех отношениях. Но достаточно было сойтись с ним поближе… как вы с удовольствием находили в нем человека изящного и острого ума, ярко выраженной талантливости. К либеральным идеям он относился с немалым скептицизмом и был упорен в отстаивании своих мнений». 1910-е годы – расцвет научной и педагогической деятельности ученого. Он много пишет об эпохе Петра I, чья биография стала делом жизни историка. М. М. считал себя продолжателем М. П. Погодина, желавшего описать жизнь Петра I день за днем. Работа над «Петридой» (так называл он свой труд) его очень увлекала. Он с головой погружался в Петровскую эпоху. «До пяти часов за работой над страницами о Кожуховском походе. Радостное чувство, что можно заняться своим делом. <…> Утром я опять осаждал Азов, следил за осадой день за днем и как бы переживал ее», – писал он в дневнике. После Октябрьской революции вынужден был пойти на сотрудничество с новой властью. Служение науке для него – служение Отечеству. Профессор Московского университета до 1924 года. С 1920 года – член-корреспондент, а с 1921 года – академик РАН.
По-прежнему изо дня в день он добросовестно работает над «Петридой», собирая, анализируя, хронологически располагая события из жизни Петра I. Надежды на издание труда тогда было мало. Основным местом его работы стал Исторический музей. Человек обязательный, ответственный, не любивший многословия и суеты, он был полезен и в Музее, и в Институте истории РАНИОН. Интересовался краеведением. Жизнь его, как и всех ученых старой школы, в 1920-е годы была нелегка. Но смысл жизни он видел в научной работе. Интересен и остр цикл его историографических очерков. Скончался ученый на 63-м году жизни после тяжелой болезни сердца.
Возможно, за тему Петра I он взялся, предчувствуя еще до революции гибель петровской империи. Труд его построен очень своеобразно. Личность Петра стоит в центре, но вокруг нее рисуется облик всех, с кем царь вступал в контакт. Читая книгу, проживаешь жизнь Петра. Пять томов биографии, глубоко научной и фактически достоверной, доведены до 1700 года. Последняя строчка написана автором 6 апреля 1929 года.