Предполагалось перевести коллекции церковного искусства в отдельное хранение с учреждением попечительских советов разных уровней. Члены Комиссии имели право доступа к фондам и залам в любое время. Для церковных экспозиций предусматривалось создание отдельных входа, выхода и специального обслуживания. Если музей не мог предоставить подобных условий, то Комиссия имела право запретить экспонирование церковных предметов. Предполагалась деидеологизация выставок в церковных комплексах, а алтари не могли более служить подсобными помещениями. Попечительские советы должны были в полном объеме осуществлять надзор за памятниками церковного искусства и церковного зодчества, находящимися во владении Русской Православной Церкви, и возбуждать вопрос об изъятии этих памятников у общин перед «Высшим попечительским советом хранилищ церковного искусства» в случае их ненадлежащего использования. Бюджет Высшего совета должен был финансироваться Верховным Советом, а деятельность местных советов – из муниципальных бюджетов. Этому замыслу не было суждено реализоваться.
Патриархия соответственно реагировала на происходящее в обществе. В докладе на архиерейском соборе 31 марта 1992 г. патриарх говорил, что происходит недостойное обыгрывание имущественного вопроса, а справедливое стремление Церкви к возвращению отобранных у нее в послереволюционный период храмов объявляется «неоправданной претензией». Уже тогда он отмечал, что музеи всячески тормозят возвращение святынь Церкви, несмотря на постоянные предложения патриархии о последующем сотрудничестве в области сохранения и использования этих памятников[191]. Выступления патриарха всегда были рассчитаны на целевую аудиторию. На епархиальных