Процесс возвращения храмов, в котором основную роль играли требования «с мест», грозил стать неконтролируемым, а паства – неуправляемой. Инициативу снизу нужно было заменить регулируемым епископатом процессом, предполагающим проявление «волеизъявления прихожан» в нужном месте и в нужное время. Именно на это время и пришлось избрание на московскую кафедру ленинградского митрополита Алексия (Ридигера), с именем которого будет связана последующая культурная политика патриархии вплоть до его кончины 5 декабря 2008 г. Инициатива в это вопросе в начале 1990-х гг. окончательно перешла от мирян к архиереям.
30 августа 1990 г. патриарх – народный депутат СССР направляет письмо председателю Совета Министров РСФСР Ивану Силаеву [166]. Письмо за исходящим номером 1721 было посвящено централизации вопроса передачи церковной недвижимости. К нему прилагался список храмов, монастырей и предметов культа, о возвращении которых, как явствовало из заголовка, «ходатайствуют епархиальные преосвященные». Список содержал 544 позиции на всей территории России, из которых значительное число принадлежало 54 музеям. При знакомстве с ним удивляет произвольность в его формировании. Если в Ижевской епархии упоминалось 72 храма, на возвращение которых претендовала епархия, то по всей Москве – только 32. По Кировской епархии таких церквей числилось 51, тогда как православному Новгороду нужно было всего 4 объекта. При этом список в большинстве случаев не содержал указания на то, кем эти храмы и монастыри используются в настоящее время. Часто в общем перечне списка присутствовали «церковная утварь, иконы, царские врата, богослужебные книги и богословская литература, хранящаяся в областном художественном и краеведческом музеях». Епархия в Вологде претендовала на Софийский собор и Кремль, а также Спасо-Прилуцкий монастырь. В Ипатьевском монастыре в Костроме архиерею были нужны лишь Троицкий собор, колокольня и церковь свв. Хрисанфа и Дарьи. В Петербурге это были Александро-Невская лавра, Исаакиевский собор, Казанский собор, храм Спаса на крови, а так же безадресные «церковные дома и здания социального назначения, ранее национализированные». В ряде случаев в списке содержались заведомо недостоверные сведения. Так, сообщалось, что в Хутынском монастыре под Новгородом