Этому предшествовало письмо в Синод, написанное самим епископом Николаем еще 26 июня. Извещая, что в процессе раскопок на городище было найдено 37 храмов и многочисленные христианские древности, он отмечал, что многие святыни по личному «усмотрению» Косцюшко-Валюжинича отправляются то в Императорский Эрмитаж, то в Москву, то в другие места. Епископ писал, что «подобное отношение к делу не может быть названо вполне научным». Он предлагал – в целях охранения – создать особое хранилище для откапываемых святынь и таковые ни под каким видом не отдавать в музеи. При этом он предполагал «обойти» ИАК, приглашая в Херсонес специалистов по церковной археологии, в частности Н. Покровского, не предполагая, что тот с 1892 г. был сверхштатным членом Комиссии.
Прежде чем, ответить министру, А. А. Бобринской запросил мнение самого К. К. Косцюшко-Валюжинича. В своем письме тот, оставляя в стороне выдвигаемые против него обвинения, в целом приветствовал идею организации церковного музея в нижнем этаже храм св. Владимира и даже предложил проект положения о нем из 11 пунктов. При этом он выступал за научные правила экспонирования, а не случайное нагромождение отдельных вещей. Отбор вещей должен был производиться непосредственно ИАК, причем настоятель мог ходатайствовать о передачи ему тех или иных предметов. Все вещи, находимые монастырем при производстве хозяйственных работ должны передаваться начальнику склада древностей [140].
Последняя жалоба епископа, касающаяся недолжного обращения с костными останками, находимыми при исследованиях, по выражению К. К. Косцюшко-Валюжинича, поразила его, «как удар грома в тихий ясный день», поскольку погребения, найденные при раскопках некрополя, свозились на новое место и перезахоранивались.
2 ноября 1899 г. председатель ИАК направил письмо в канцелярию Министерства. В тексте указывалось на сознательные неточности, допущенные епископом в послании в Синод, дабы произвести нужный эффект. Так, не без причины утверждалось, будто бы раскопки в Херсонесе производятся членами некоего Археологического общества: по сути дела, здесь имела место попытка игнорирования Высочайшей воли 12 июня 1887 г. о поручении раскопок в Херсонесе ИАК, т. е. правительственному учреждению. А. А. Бобринской отмечал, что в том же повелении содержалось и распоряжение о том, чтобы добываемые в процессе раскопок древности были бы максимально доступны для обозрения публикой, что возможно лишь