Надо сказать, что такое единоначалие не сказалось положительно на судьбе памятников. 21 апреля 1887 г. председатель Московского архитектурного общества Н. В. Никитин, со ссылкой на действительного члена Общества М. Ф. Беттихера, написал в МАО о бедственном положении древностей на территории Херсонесского Свято-Владимирского монастыря. В частности, со ссылкой на одного из братии, сообщалось, что колонны вдоль дороги предполагается распилить и использовать для пола в новых храмах. Сами же колонны из мест их обнаружения стаскивались к дороге, из чего следовало, что раскопки и сама охрана древних памятников находятся в руках людей, не понимающих их значения [131]. Это послужило поводом к письму Прасковьи Уваровой государю от 2 июня 1887 г. за № 3562 [132]. Суть его сводилась к следующему: Херсонес – святыня, она должна быть известна и охраняема.
Письмо заканчивалось патетическим призывом: «Повели, Государь, и древний Херсонес станет Русскою Помпеею, заинтересует всю благомыслящую Россию, привлечет к изучению своих древностей не только русских ученых, но и путешественников из Западной Европы». Задачу археологического изучения Херсонеса графиня не без тайного расчета предлагала возложить на «одно из ученых обществ». При этом предполагалось упразднить монастырь, а новых хозяев обязать содержать священнослужителя для местной церкви. Обеспечение раскопок предполагалось осуществить за счет передачи этому обществу монастырских земель вокруг Херсонеса.
Реакция государя последовала практически мгновенно, однако она была совсем не такой, какой ее желала видеть графиня. Уже 14 июня 1887 г. И. Делянов, министр народного просвещения, написал П. Уваровой о высочайшем повелении, в котором говорится, что производство самовольных раскопок монахами на местности древнего Херсонеса строго воспрещается, а ежегодные раскопки следует возложить на ИАК и Одесское общество. Для находок организуется музей под руководством опытного специалиста, для чего назначаются ежегодные суммы не более 3–5 тысяч рублей в год. ИАК предлагалось сделать заключение о мерах к охране базилики, открытой графом Уваровым [133]. Переписка по этому вопросу продолжалась до конца года. 29 ноября 1887 г. И. Делянов вновь сообщает графине об отзыве прокурора Синода: воля государя доведена до монашествующих, в настоящее время нет никаких слухов о продаже предметов древностей настоятелем монастыря [134].
Конфликт