Реализацию программы морских офицеров тормозил Совет государственной обороны, который возглавлял великий князь Николай Николаевич, не придававший большого значения флоту; именно он не переводил бюджетные ассигнования на его модернизацию. Однако благодаря личной поддержке императора Николая II и Государственной думы программа была в конце концов утверждена, хотя и в несколько усеченном виде по сравнению с той, какую разработали военные моряки.
Возвратившись к полярным исследованиям, капитан 2‐го ранга Колчак вновь отправился в экспедицию. Он был назначен командиром ледокольного судна «Вайгач», на котором совершил переход из Петербурга через южные моря в Арктику, а оттуда во Владивосток. Однако через год Колчак вернулся в военно-морской флот; свою блистательную военную карьеру он продолжил на Балтике. Миноносцы, минное дело – вот чему он себя посвятил, став в этой области крупным теоретиком и практиком.
Когда началась Первая мировая, Колчак проявил себя как отличный начальник минной военно-морской дивизии. Балтийским флотом тогда командовал выдающийся флотоводец адмирал Николай Оттович фон Эссен. Парадокс российской истории: Эссен был этническим немцем и блестящим русским военно-морским офицером, который обеспечивал прикрытие Петрограда от мощного немецкого флота. Колчак как ведущий специалист минного дела принимал самое активное участие в разработке плана минирования Финского залива. Впоследствии он даже побывал в Соединенных Штатах Америки, где делился с союзниками своими знаниями минного дела.
На Балтике Колчак руководил атаками на транспортные суда, которые вывозили в Германию железную руду из Швеции. Швеция оставалась нейтральной, но при этом торговала с Германией и поставляла ей железную руду, в которой та весьма нуждалась. Колчак со своими миноносцами потопил пять судов противника, включая несколько транспортных, надолго задержав транспортировку руды. Но и это не все. Колчак организовал десант в Рижском заливе, сорвав тем самым наступление немецких войск на Ригу. Проявив себя талантливым военачальником, в один прекрасный день он неожиданно получил извещение о том, что его назначили командующим Черноморским флотом с производством из контр-адмиралов в вице-адмиралы. В морской иерархии выше был только чин полного адмирала; впоследствии он станет одновременно